科研星球

如何使用SnapGene绘制比较基因簇结构图

寻找原噬菌体



1.1 PHAST

打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址,输入基因组Genbank accession number/fasta件,点击submit.


下载.jpeg


1.2 选择prophage

选取PHAGE_Shigel_SfII下载 (1).jpeg



NCBI BLAST比对


2.1目标序列的比对

通过PHAST比对的结果,如下图标记的前者是基因组里的基因名,后者是噬菌体的GI号,下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。

网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi下载 (2).jpeg

2.2 blastp比对

一般我们认为identity >30%;e-value <1e-10;score>200;overlap >60%,二者具有同源性。下载 (3).jpeg



SnapGene viewer作图



3.1导人序列

导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因(gb文件),导入序列后,SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息,依次点击下方的图标,将文字信息去除。下载 (4).jpeg


3.2 基因结构绘制

双击在DNA line下方的基因,适当调小基因的长度,让基因落在DNA line上(这里是使图片美观的,也可以不设置),根据比对结果,与基因组同源的基因设置成一样的颜色,点击file,将图片导出 Map。(svg矢量图格式,用于后续AI绘图)下载 (5).jpeg


3.3使用AI软件进行拼图

打开Adobe Illustrator CS6,选中矢量图,放置到一个模板里,小编这里就只加了标尺与名称,根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。下载 (6).jpeg



相关推荐:

*snapgene 4.3.6 for Win/Mac

*「视频教程」snapgene 引物设计使用教程

*基于SnapGene的多序列比对实例教程

*手把手教您画质粒图谱!SnapGene教程

*SnapGene如何设计sgRNA,构建载体,对靶基因进行敲除

*SnapGene快速入门,软件界面及常用操作

*Snapgene在载体构建的应用实例讲解

更多相关内容……

没有账号?