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R语言绘制竞争风险模型的累计发生曲线

竞争风险( competing risks) 是指研究对象出现感兴趣事件(interesting event)的同时还会出现其他结局事件,这些结局事件将阻止感兴趣事件的出现或使其发生的概率降低,各结局事件间形成所谓的"竞争"关系,这一系列事件称作竞争事件。

1999年Fine和Gray提出部分分布的半参数比例风险模型,该模型在考虑到竞争事件的条件下,探讨其他影响因素对结局事件的作用,弥补了传统生存分析的不足。

今天来学习绘制竞争风险模型的累计发生曲线。

1. 安装和加载R包

install.packages("cmprsk"# 安装包
install.packages("survminer"# 安装包
library(cmprsk) # 加载包
library(survminer) # 加载包

2. 导入数据

本文的实例数据是关于白血病患者接受骨髓干细胞移植后复发风险的研究,该研究包含有177例接受骨髓干细胞移植的急性白血病患者。

bmtcrr数据获取链接:https://pan.baidu.com/s/1mmbZN6FV6OfLvubmV8IlpA 提取码:aaaa

bmtcrr <- read_excel("bmtcrr.xls"# 导入数据
bmtcrr$sex <- factor(bmtcrr$sex, levels = c(0,1),
                     labels = c("male""female"))
View(bmtcrr) # 预览数据集

0.png

部分变量解释:
sex:性别,0为男性,1为女性;
ftime:随访时间;
status:生存结局,0为删失,1为复发,2为死亡。

3. 拟合竞争风险模型

fit <- cuminc(bmtcrr$ftime, bmtcrr$status, bmtcrr$sex)
print(fit) # 输出信息

0 (1).png

4. plot()函数绘制图形

plot(fit)

0 (3).png

5. ggcompetingrisks()函数绘制图形

ggcompetingrisks(fit, 
                 multiple_panels = FALSE
                 ylim = c(0,1))

0 (2).png

可以修改参数来自定义调整图形


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