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PubMed文献检索:3个步骤提升你的文献检索技能

PubMed是一个基于web形式的免费的公共资源访问网站,可用于从美国国家医学图书馆的MEDLINE数据库中检索文献。2019年11月19日,美国国家医学图书馆下属负责信息服务的Training Office宣布,新版PubMed正式上线。


过去的2年里,PubMed不断更新,以提高其功能性并添加了重要的新功能,包括一组专门用于识别COVID-19文章的检索语句,和一个新发布的文献筛选过滤器,使得PubMed可以检索早期发表的预印本


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pubmed链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/


2021年7月26日,JAMA期刊在线发表了一篇论述《Using Updated PubMed:New Features and Functions to Enhance Literature Searches》,对新版PubMed的重要特点和功能进行了介绍,以帮助临床医生通过3个步骤对文献进行检索,及时获得重要临床问题的答案。小咖就带大家一起来学习一下这3个步骤吧。

 

太长概括版

通过3个简单的步骤进行有效的PubMed检索。


第1步:关注临床问题

  • 使用PICO格式(患者、干预、比较、结果)简明地表达要回答的临床问题的类型(例如,治疗、诊断、病因、预后)。
  • 从写下描述临床问题的每个PICO组成部分的常用医学术语开始进行检索。

 
第2步:使用PubMed临床查询过滤器

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链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/clinical/


  • PubMed临床查询过滤器是一种复杂的多术语检索策略,通过使用简单的关键字或下拉菜单来实现。
  • 确定更新的系统综述或Meta分析及关键的检索短语,并将(systematic review[filter] OR meta-analysis[filter])输入到PubMed检索主页面。
  • 从“临床查询”页下拉菜单中,使用临床研究类型过滤器,选择最合适的临床问题类型(治疗、诊断、病因学或预后),来检索最新的原始研究。
  • 使用“临床查询”页下拉菜单中的COVID-19检索过滤器来检索与COVID-19相关的内容。
  • 要明确检索NIH支助的COVID-19预印本,请在PubMed检索框中使用关键检索词,并输入preprint[filter]。

 
第3步:提炼检索词

  • 每一篇PubMed文章都有一个受控医学词汇表,即MeSH。PubMed在执行检索之前,会自动将检索中任何使用的常见医学术语转换为适当的MeSH术语。
  • 每次检索后使用“Advanced”链接和箭头选项卡(>)来确定PubMed是否已将常见的医学术语正确地翻译为适当的MeSH术语。
  • 如果翻译过程似乎没有正常工作,请使用不同的常用医学术语或使用MeSH数据库查找更合适的检索词。

 
详细介绍版
第1步:关注临床问题
选择合适的医学术语来充分定义临床问题,是成功使用PubMed检索文献必不可少的第一步。定义临床问题的关键要素包括:患者群体或正在研究的疾病过程(P);研究关注的干预措施、暴露因素、疾病阶段或诊断试验(I);比较组干预、暴露或检测方法(如果适用)(C);以生理或病人为中心的结果(O)。
 
第2步:使用PubMed临床查询过滤器
PubMed临床查询(Clinical Queries)过滤器是一种有效的检索策略,可以提高对相关研究论文的检索,这些研究将会回答关于治疗、诊断、病因或预后的临床问题。因为每种类型的临床问题最好是由特定的研究设计来回答,因此每个PubMed临床查询过滤器都可以使用唯一的检索词组合来检索相关文章。

PubMed临床查询过滤器自2000年以来就已经内置到PubMed中,最近也更新了一些功能,包括一项使用重要的系统综述临床查询过滤器的新流程,此外,还为COVID-19文章添加了一个新的临床查询类别。

一份高质量的系统综述可以解决一个热点的临床问题,并对所有可用的主要研究提供一个客观的评价结果。此外,一份高质量的系统综述也可以作为Meta分析和循证临床实践指南的基础。临床医生可能更喜欢这类预先评估的资源作为获取临床信息的主要来源。

用于系统综述的原始PubMed临床查询过滤器包含有20多个不同的检索词,从而可以使检索系统综述、Meta分析和临床实践指南最优化。2020年10月,此过滤器从PubMed临床查询页面中删除。

直到恢复为止,检索上述资源的最佳方法是使用检索语句和过滤器的组合(systematic review [filter] OR meta-analysis [filter]),直接输入PubMed主页的搜索框,再加上用于关注临床问题的常用医学术语。使用[filter]检索标签可确保PubMed不会将有关系统综述或Meta分析的检索词限制在文章的摘要中。尽管良好的系统综述或Meta分析可以为重点的临床问题提供有效答案,但检索最新的原始研究始终是更为明智的。

搜索最新的原始研究。更新后的PubMed临床查询页面可通过PubMed主页上的链接(在“Find”下)进行访问。在PubMed临床查询的页面上,下拉菜单允许用户检索不同类型的原始研究。每个临床研究类型过滤器都经过了优化,可以使用更大或更小范围的检索策略来检索有关治疗、病因、诊断或预后的研究。

一个宽泛的检索策略的敏感性很高,并且会返回几乎所有可能关于某个主题的研究,以最小化假阴性结果(避免遗漏文章),而一个小范围的检索策略则是高度具体的,并且只返回一些高质量的研究,以最小化假阳性结果(避免检索出不适当的文章)。

除了最初的临床研究类别过滤器外,在2020年底,PubMed临床查询页面更新了一个新的下拉菜单,提供对COVID-19文章临床查询过滤器的访问,该过滤器可以检索关于COVID-19机制、传播、诊断、治疗、预防、病例报告、预测及其他发表的论文。

此外,PubMed还启动了一个试点项目,对选定的预印本服务器进行索引,使得早期发表的由NIH支助的COVID-19研究可以检索到。这是与COVID-19文章临床查询过滤器结合使用时的一个重要功能,只需在临床查询检索框中输入preprint [filter]一词,再结合用于关注临床问题的常用医学术语,然后单击“搜索”即可访问。使用[filter]检索标签可以确保PubMed不会只在摘要检索preprint。

尽管在COVID-19大流行期间,获得早期发表的研究似乎特别重要,但临床医生需要注意的是,预印本并没有经过同行评审,可能包含重要的方法学限制,并且结果必须被认为是初步的结果。个别预印本必须经过严格的评估,其结果最好可以在其他已发表的相关主题研究的背景下加以解释。

第3步:提炼检索词
美国国家医学图书馆使用分层结构受控词表,称为医学主题词(MeSH),来描述MEDLINE上索引的每一篇文章。为了确保在进行检索时适当地应用这个受控词汇表,PubMed使用自然语言处理将常见的医学术语翻译成适当的MeSH词

例如,PubMed基于人工智能的算法把常见的短语,如heart attack翻译成“myocardial infarction”[MeSH terms]、heart burn [sic]翻译成“heartburn”[MeSH terms]、angina翻译成“angina pectoris” [MeSH terms]。这些算法还可以纠正印刷错误,并将英国的拼写翻译成美国的拼写,反之亦然。然后,PubMed将使用经过适当翻译后的MeSH词,以及英国和美国拼写中都常使用的医学术语进行检索。

尽管PubMed的自动翻译过程可以很好地处理大多数常见的医学术语,但它并不完美。例如,许多人将“transient loss of consciousness”与“syncope”交替使用;然而,PubMed并未将“transient loss of consciousness”翻译为预期的MeSH词“syncope” [MeSH terms]。因为PubMed的翻译算法并不总是像预期的那样工作,所以必须检查每个检索词,以了解基于人工智能的算法是否正常工作。2019年,PubMed更改了这些重要检索细节的位置。
 
使用高级检索的链接来评估你的检索策略
如果想要在执行检索后访问检索的详细信息,请单击主要结果页面上的检索框正下方的“Advanced”链接。“Advanced”页面打开后,向下滚动到“history and search details”部分,然后单击检索语句前面的箭头选项卡(>)进行评估。

PubMed会自动将短语heart attack转换为更完整的检索语句“myocardial infarction”[MeSH terms] OR (“myocardial”[all fields] AND “infarction”[all fields]) OR “myocardial infarction”[all fields] OR (“heart”[all fields] AND “attack”[all fields]) OR “heart attack”[all fields]。因此,尽管用户只在检索框中输入了常见的医学术语heart attack,但PubMed基于人工智能的翻译算法生成了一个语法正确的复杂检索策略,该策略既包含了适当的MeSH术语,也包含最初在检索框中输入的常见医学术语。

如果“search details”部分显示用于执行检索的常用医学术语未映射到适当的MeSH词,请使用其他常用的医学术语进行重复检索,然后在执行新检索后重新检查。

参考文献:
JAMA. 2021 Jul 26. doi: 10.1001/jama.2021.12021. 


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