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如何高效阅读文献?这些技巧你一定要知道

如何高效阅读文献呢?


先读 Abstract


Abstract 是文章浓缩的精华,它包括了这篇文章最基本最全面的几个要素,是整篇文章的总览。在这里你可以了解到文章的背景、方法、结果和结论。


大多数文献 Abstract 采用三段式结构,读起来更加清晰。如下图,非常清晰的告诉你文章的结构,只需要看一下 Background 和 Conclusion 就知道要不要继续读下去了。


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图片来源:文献截图


对于摘要是一段式的文章,可以逐字逐句的阅读,也可以只看段落最后总结性的句子。


再读 Introduction


Introduction 的段落讲的内容基本上是固定的。


一般情况下,作者在第一段和第二段会讲一下这个课题的背景,是一些概念性的内容,即这个问题的由来。


倒数第二段作者会讲一下此类研究的现状,先有所肯定,再指出有哪些尚未解决,并由此引申出次研究的动机,为什么做这个实验,这个研究的意义是什么。


而最后一段则是作者讲述这篇文章是要做什么,是怎么做的,得出了什么样的结论。


对于只是单纯增加知识储备的同学来讲,这时候不必深究细节,把握整体就好。这一段我们读的文献往往注重逻辑和推理,有严格的提纲。


这里有一个小技巧,注意每一段的第一句话,这句话往往是此段落的中心句,后面的话都是围绕这句话来展开的。因此,大量的无用信息可以一带而过,节约大量的宝贵时间和精力。


对于想要通过阅读文章来获得灵感的我们来说,除了认真找到 Introduction 段落中心句,还需要认真的阅读最后一段。这时候要注意信息词,看到某些词,可以大概猜到他后面会讲什么,这样可以大大加快阅读速度。


比如看到「however」、「but」、「nevertheless」、「even though」这种转折性的关键词,就要想到作者要开始讲之前的哪些研究不足了;「in this study」告诉你本研究的实验方法;「we found」、「demonstrated」、「our data have shown」后面一般是本研究的结果。


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图片来源:文献截图


Introduction 看完了之后,我们应该了解此项工作的出发点,明白想解决的问题是什么。换句话说,读完了 Introduction,这篇文章就应该懂了一大半,剩下的大多是细节和技术性的问题,以及作者如何用实验来圆他们画下的「大饼」。


读 Results 的图表


通过阅读 Abstract 和 Introduction,你了解了作者大概在做什么,这个时候直接去看 Results 的图表和注释,就可以在摘要的基础上得到更直观、更丰富的信息。


图是补充摘要最得力的手段,一张好的图抵得过一大段话。


首先,是要看懂实验结果,接着是要领悟作者大概用了哪些技术来支持他们自己的观点。如果是自己来设计是否会考虑得如此全面。


假如文献与自己的课题相关度很高,则可以考虑是否可以用同样的实验方法来印证自己的假设。


如下面这个 Figure,学医的同学一看应该就知道作者的做的是什么,大概是用什么实验方法。


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图片来源:文献截图


看 Materials & Methods


如果你在读 Results 的过程中发现了你也想做的实验,或者你也想用相同类型的图来表达你的结果,这时候就很有必要仔细看下 Materials & Methods,看看这个实验的细节部分,然后根据别人的操作来设计自己的实验。


看 References


最后我要说一下我觉得很有用的、每次都能发现新大陆但很容易被大家忽略的部分:References。


文献的 references 可能包含不少你感兴趣的相关文献,可以按照以下原则筛选下做延伸阅读。


选择近期发表的文献,一般是近五年内的文献。这么做的原因有几个,首先学术界日新月异,某些问题两年前值得讨论,两年后也许就过时了。


其次,哪怕这个问题没有过时,新文献也会将这个问题回顾一番,按图索骥它不香吗?相信我,除非是特别有名,引用率极高的文献,尽量还是找新的来读。


找和自己研究课题吻合度高的文献。对于此类文章,我们可以学习作者实验设计的思路,学习讲故事的方法…..



实例解析


最后我们以 2021 年发表于《Cell》上的一篇文章为例,复习下今天的内容。


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图片来源:文献截图


首先找到总结性句子:


Our study provides insight into how cancer cells use a developmentally conserved mechanism to drive the DTP state, pointing to novel therapeutic opportunities to target DTPs. 


这篇文章是研究肿瘤细胞如何利用发育保守机制来驱动耐药持久性状态(DTP),从而为攻克癌症提供了新的思路和方向。


这时候我们获得几个关键词:DTP,发育保守机制,耐药发展。


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图片来源:文献截图


接下来我们看 Introduction。


本文的 Introduction 有三段,第一段是 DTPs 的背景介绍。


topic sentence 是:「DTPs represent a potential therapeutic opportunity prior to development of classic irreversible genetic mutation-driven drug resistance.」


即在典型的不可逆基因突变驱动耐药发展之前,DTPs 代表一个潜在的治疗机会。


第二段引入了「滞育」的概念。


topic sentence 是:「Given that DTPs represent a non-genetic reversible state cancer cells enter to survive the harsh environment created by chemotherapy, we questioned whether tumors are hijacking an evolutionarily conserved survival strategy.」


即鉴于肿瘤细胞的这种「休眠」模式与哺乳动物的胚胎滞育相似,因此作者猜想,肿瘤细胞,尤其是 DTPs,是否进入这种胚胎存活状态,以在化疗产生的应激环境中存活下来。


第三段作者描述了他们将用什么实验来证明他们的猜想。


看完 Introduction 后,我们了解到这篇文章的出发点是研究 DTPs,并想找寻其与发育保守机制——滞育之间的关联,从而应对化疗耐药性提供了一个新的方向。


接着我们将目光转到 Results 的 Figure。


通过阅读标题和图注,我们得到信息:


第一部分作者建立生成 DTP 状态的肿瘤模型,证明这些肿瘤细胞增殖减缓,且经历 DTP 状态后重新生长的肿瘤细胞仍对化疗敏感(Fig.1)。DTP 状态的肿瘤无遗传异质性的丧失,且化疗敏感性仍存在(Fig.S3)


高复杂性慢病毒条形码、克隆动力学、克隆生长的数学模型等实验结果显示所有肿瘤细胞都具有成为 DTP 的相同能力(Fig.2)


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Fig.1(左)Fig.S3(中)Fig.2(右)

(图片来源:文献截图)


第二部分作者进行了 RNA-seq 和 GSEA 基因集富集分析,表明化疗诱导的 DTP 与胚胎滞育具有广泛的转录相似性即滞育样 DTP 状态(Fig.4)。同时证实滞育样 DTP 状态细胞处于分裂缓慢的状态,从而以应对化疗压力(Fig.5)


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Fig.4(左)Fig.5(右)/图片来源:文献截图


接着在第三部分作者探讨了 DTP 形成的具体机制。作者做了 WB、PCR、流式分析及 RNA-seq 等实验,得出了结论:与滞育囊胚类似,滞育样 DTP 状态通过自噬途径维持(Fig.6)


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Fig.6/图片来源:文献截图


第四部分是作者对滞育 DTP 临床意义的探讨。通过对数据库分析及绘制生存曲线得出结论:滞育基因特征及自噬水平与预后相关,提示可针对类滞育 DTP 状态耐药肿瘤,开发新的治疗策略(Fig.7)


Fig.7(图片来源:文献截图)


通过阅读 Results 的 Figure,我们可以更详细的了解此篇文章的思路。如果你对哪一部分比较感兴趣,可以仔细阅读具体内容。


鉴于篇幅有限,后面的内容就不一一展开了,有兴趣的同学可以自行下载研究呀 ~


以上就是我阅读文献的一些心得体会,希望大家可以通过今天的文章,摸索自己阅读文献的小技巧,比心。


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