我们经常看到Visium 空间转录组报告中有图像数据，那么它是怎么得的呢？今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据，尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。

ImageJ是由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款基于 java的图像处理软件，在科研中应用极为广泛。这款软件是开源免费的，同时前人已经开发出了许多针对不同需求的插件，可以直接安装调用。

图像切割

一般我们成像得到的是tif格式的图像，一开始的边缘或者切片并不规整，需要切割修正，如下几种情况：

处理的方法很简单：File-Open- 矩形框选择图像-Image-Type-RGB Color ,再来一次Image-Type-Crop即可。这里需要注意需要做RGB Color 。

背景校正

由于染色深浅不同，可能影响组织识别或者影响空间可视化，如组织染色太红，而很多工具绘制基因表达量是以红色为高表达，背景太红，会形成干扰。这时候可以选择对图形做背景校正，具体步骤如下：

效果如下：

处理后需要跑spaceranger需要将数据图片存储为TIFF格式，TIFF是唯一一种（除了“raw”原始格式）支持所有ImageJ的数据格式（8-bit、16-bit、32-bit 浮点型和RGB）以及唯一支持空间和密度标定数据的格式。除此以外，选区和Overlay也存储在TIFF文件的header中。

ImageJ的教程如Seurat一般丰富，ImageJ实用教程汇总中安装讲到了插件开发，可以说比官网教程还要用心了。