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PubMed和PMC到底啥关系?新版PMC就要来了!

2021年6月,NCBI Insights发文《A more modern PMC is coming – let us know what you think in PMC Labs!》,正式对外启动新版PubMed Central(PMC)的体验与改造计划,旨在为大家提供一个更现代、更易于使用的PMC。该项计划目前处在第一阶段,主要是基于PMC Labs,供大家体验、探索和提供反馈,以此更好地完善新PMC。

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作为NCBI旗下用于存档(生物医学和生命科学领域)期刊上发表的可免费开放获取学术文章全文的数字存储库,此番基于PMC Labs上所展示的新PMC专注于对 PMC 平台进行现代化改造,包括对主页、站点组织和文章页面的一些初始更改以创建一个更稳定且易于更新的环境


此次PMC比较直观的更新,主要体现在2处:


1.和新PubMed极相似的主页

旧版PMC主页:

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新版PMC主页:

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如上图,PMC Labs 主页具有 PMC 全文搜索栏、最常用文档的链接、不同 PMC 用户组(作者、出版商和开发人员)的信息、存储的统计数据、更新的“New in PMC section”功能(暂未显示),以及一个稍显突出的反馈链接(红圈)供大家提供意见和建议。


可见,相比旧版主页,PMC Labs的主页先是创建了与PubMed相似的主页界面,实现风格设计上的PubMed与PMC的“不分家”。同时,对文档进行重新组织,以突出和显示最常被访问和最重要的内容,合并冗余功能,以此提供更流畅的体验


2.更完善、强大的阅读界面

一直以来,笔者对PMC的文章阅读界面甚是喜欢,其中,文章所引用的文献可以实现“鼠标到,文献就显示”,还可以点击里面文献的PubMed链接,真的不能再贴心了。


而此番在文章阅读界面的更新,经官方介绍,主要在下图中的6处:

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 1)查看 PMC 中哪些文章引用了正在查看的文章

 2)查看文章在PubMed上的相应记录PMID,学术文章在PubMed上的专属ID

 3)看当前文章的相关数据和补充材料

 4)查看文章的其他格式:请参阅右侧面板顶部的"Other Formats"部分。文章将以 PDF 和 PubReader 格式来呈现。PubReader 格式将继续作为移动设备的默认显示,以供移动设备较好的浏览体验。

 5)查看最近的活动记录可以通过单击搜索栏下的"Advanced"或My NCBI来查找会话中先前搜索的详细信息和最近的活动。

 6)查看文章中的参考文献:将鼠标悬停在文章中的参考文献链接(蓝色字体)上或单击以查看完整的参考文献列表条目。参考文献的信息不再显示在相应段落的右侧,而是在左侧。


文中提到,PMC Labs 中的搜索结果与当前 PMC 网站上的搜索结果相同,PMC官方也鼓励大家多尝试PMC Labs,多给意见和建议,以此提供最佳搜索体验


此外,借此机会,笔者进一步的查阅了关于PMC的相关资料,想跟各位一起重新认识下PMC,以及最近PMC的一个大项目——NIH Preprint Pilot。


PubMed Central ( PMC )

作为NCBI开发的主要研究数据库之一,PMC是一个免费的数字存储库,用于存档已在生物医学和生命科学期刊上发表的开放获取的学术文章全文。值得注意的是,PMC不单单是学术文章全文的文档库,提交给 PMC 的内容被编入索引和格式化,以增强元数据、医学本体和唯一标识符,进而丰富了每篇文章的XML结构化数据和浏览体验


截至日前,PMC收录的可免费获取的学术文章全文已达710万篇


作为PubMed功能的重要组成部分,PMC提供的部分文献的全文网页体验,实乃文献收录数据库的bug。

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与PubMed不同,PMC是完整文章的免费数字档案,任何人都可以通过网络浏览器从任何地方访问,相反,PubMed 是一个可搜索的生物医学引文和摘要数据库,但其可搜索到的全文文章位于其他地方(出版社、期刊官方、PMC等)。


一定程度上,PubMed就是集合MEDLINE(被认可的来自世界各地出版的 5200 多种学术期刊的引文)和PMC(存放在 PMC 中的期刊文献全文或作者手稿)组成而来。

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(源自NIH)


据PMC官网的资料,存放在PMC的学术文章全文的期刊,分为3类:

 1)完全参与这些期刊存放每一期或每卷的完整内容,从特定的卷/期或出版日期开始。此类期刊已有2478个,如Nature Communications。

 2)NIH Portfolio:这些期刊存放所有由NIH 公共访问政策定义的受NIH资助的文章,从特定的卷/期或出版日期开始。此类期刊已有332个,如Diabetes Care。

 3)选择性存放:选择性存放的期刊,用于存放期刊中的部分文章。该模式下,通常是基于付费订阅的期刊,其中被选定的文章以开放获取形式发表,或者出版商希望支持特定资助者的政策。此类期刊已有7994个。


在PMC首页,点击Journal List,即可获得PMC收录的期刊的列表,及其合作方式。

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获得PMC收录全文的期刊列表,以及详细的收录信息。

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点击相应的期刊,即可进入特定期刊的收录详情,也可以帮助各位理解PubMed上已搜索到的PMC全文收录的变动。


以国内最具盛名的国产期刊Cell Research为例。

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NIH Preprint Pilot

此外,美国NLM 正准备启动一个试点项目,以测试通过PMC获得受 NIH 资助的研究产生的预印本的可行性,被名为NIH Preprint Pilot,其主要目标是探索可提高 NIH 早期研究结果可发现性的方法。该试点项目于 2020 年 6 月 8 日这一周开始,将运行至少 1年。

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在NIH Preprint Pilot中,NLM 希望与预印本服务器(包括medRxiv、bioRxiv、ChemRxiv、arXiv、Research Square 和 SSRN)合作,第一阶段将侧重于受NIH资助的与 SARS-CoV-2 病毒和 COVID-19相关的预印本的可发现性,且在PMC中增加了Preprints这一过滤条件

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为方便区分预印本与经过同行评审的期刊文章,带有 NIH 品牌的预印本横条框和醒目的绿色信息框将出现在所有预印本记录中。PubMed 也使用类似的信息框显示预印记录,且其信息框还将明确指出预印本尚未经过同行评审。

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在PMC 中,相关内容的黄色框将包括 a)指向服务器网站上的预印本记录和 b) 预印本和已发表文章之间的链接(如果可用)。


笔者相信,在NIH Preprint Pilot第一阶段侧重于受NIH资助的COVID-19相关的预印本收录的运行,会给PMC在收录预印本上带来更多的经验,或利于PMC和PubMed后续收录更多研究领域的高质量预印本。同时,新版PMC的到来,其现代化的界面设计、对移动设备的更大兼容性以及基于站点重组织的易于更新的环境,也势必会为大家提供一个更为贴近潮流且好用的PMC。



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