科研星球

SCI在线作图神器NetworkAnalyst使用指南

对于科研工作者,想发表一篇高水平SCI文章,除了需要充实的研究内容,高端大气上档次的Figure也至关重要。

随便打开一篇高质量文章,你会发现,除了传统的免疫印迹和免疫组化图之外,文章中还充斥着大量让人耳目一新的Figure,比如基因富集图、热图、韦恩图、蛋白互作网络图和弦图等。

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这些高颜值图片多数是通过R语言来实现的,但是大部分科研同伴们可能完全不会R语言。笔者今天给大家推荐一个在线的可视化作图神器,让你能够分分钟搞定作图难题。

这个作图神器就是NetworkAnalyst网址为:

https://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/faces/home.xhtml 

根据网址进入后,可以看到该网站相当简洁。在网页的上方是阐明了NetworkAnalyst的主要功能是作为一个基因表达谱和meta分析的可视化平台

有5个数据上传窗口,分别为“gene list input(应用较多)”、“gene expression table(主要是单一的RNAseq或者基因芯片结果)”、“multiple gene expression table(主要是比较多个数据集中基因表达,常用于meta分析)”,“Raw RNA-seq date(主要是RNAseq测序结果)”和Nwtwork file(主要是网络文件,比如sif,graphml和json)。

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在演示具体操作步骤之前,我们先来看整体了解下该网站。在News & Updates栏目中可看到该网站的更新情况,目前我们见到的版本为NetworkAnalyst 3.0,这个版本的相关文章已经于2019年3月23日发表在Nucleic Acids Research杂志上。该网站最近的更新时间是2019年6月24日,这说明该网站是实时更新的,因此不用担心程序过旧而导致分析结果不准确等问题

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在“please cite”栏目中可以看到创建该网站时发表的一些论文,包括3篇Nucleic Acids Research(影响因子11.147),1篇bioinformatics(影响因子4.531)和一篇Nature Protocols(影响因子11.334)。能被这么多高水平期刊认可,说明这个网站是相当可靠的,用它做出来的高颜值Figure也是值得信赖的。

0 (2).jpeg下面给大家详细介绍一下该网站的使用方法,以应用较多的gene list input为例给大家做介绍。

点击“gene list input”选项进入数据上传页面。在Specify organism栏中,可以选择物种类型。在搜索栏中,可以点击“Upload”上传基因列表。注意,如果输入多个基因列表,需要在不同基因列表之间加入‘//’来隔离。

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这里以网站自带的基因列表给大家讲解。点击“Try example”,可以看到网站提供6个基因列表范例,我们选择第二个列表,它是Trem-1活化基因,为鼠源,基因ID类型是Entrez Gene。

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选择后,点击“Yes”,随后发现该基因列表已经自动填入搜索栏。点击“Upload”上传该数据列表。

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点击“Proceed”随后对可视化图形进行选择。这里提供了多个数据展示类型,包括基因富集图、热图、韦恩图、弦图和PPI图。下面一一为大家展示。

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1. List Enrichment Network(基因富集图)

点击“List Enrichment Network”,网站会自动显示基因富集图。图中的任意节点都是可以移动的,而且节点颜色,背景以及展示方式都可以进行调整,非常方便。

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2. List Heatmap View(热图)

点击“List Heatmap View”,网站会自动显示该基因列表的热图。同样,热图的划分方法、颜色和边界同样可以修改。

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3. Venn Diagram(韦恩图)

点击“Venn Diagram”,你会发现系统提醒出现错误,主要是因为这是一个基因列表,无法进行韦恩图的绘制。

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为了让大家了解该功能,我们可以回到图6的范例数据类别选择界面。我们选择最后一个“Multiple Lists(多重列表)” 它同样为鼠源,ID类型为“Symbol”,包含3个基因列表。

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选择后,点击“Upload”上传,随后选择“Proceed”继续,在图形类型选择界面点击“Venn Diagram”,网站会自动显示韦恩图,选择任意一部分,在左边都会出现交集部分的基因名称。

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4. Chord Diagram(弦图)

点击“Chord Diagram”,同样会发现系统提示单个基因列表无法完成弦图的绘制。

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接下来,我们可以像绘制韦恩图一样,重新选择多个数据集。选择完成后,点击“Chord Diagram”就可以获得以下弦图,颜值超过有木有。

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5. Network Visual Analytics(网络可视化分析)

这个大类中有多个PPI图可供选择,这里我以Gene-MiRNA interactions为例讲解一下。

点击“Gene-MiRNA interactions”,接下来依次点击“OK”和“Proceed”,进入图形绘制页面,即可获得一下图形。和之前的基因富集网络图相同,各个节点以及颜色都可以任意调整。

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