科研星球

单细胞类型分析神器,EPIC使用指南

今天来跟大家安利一个网站。最近免疫浸润真的是火的不行,连我隔壁实验室的小师弟都说发了一篇4+免疫浸润的纯生信文章。问他用的什么分析方法?好小子,神秘一笑:我用了好几种计算免疫细胞的方法,额,你这不是等于没说吗?哎,不过无非主流就那几种吧,你以为你不说我就不知道了?你师哥还是你师哥,我不仅知道,我还要跟大家说!今天就来跟大家说说CIBERSORT......


啊,错!是跟大家说说另一个计算免疫浸润细胞的网站——EPIChttps://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/  )。

 

EPIC网站2017年首发于eLife杂志,目前影响因子7+网站可以计算8种免疫细胞类型比例,关于这个网站更多的介绍大家可以参阅发表的文章,doi10.7554/eLife.26476。

 

EPIC网站要求上传自己的数据计算免疫细胞比例,每一份数据不能超过100M,假设我们从GEO下载并处理好了一份数据集,行名是基因名,列名是样本名,长相是这样滴:


0.png



然后打开网站,点击首页的Browse,开始上传数据,成功后长这样:


0 (1).png


接着进行相应的设置,简单粗暴,简洁明了,简直秒爱:


首先选择计算的细胞类型,是计算肿瘤浸润细胞还是计算循环免疫细胞,这个大家各取所需;


0 (2).png

▲ 选择计算的细胞类型


接着设置结果呈现形式,一般cell fractions用的相对较多?emmm我也这么觉得;


0 (3).png

▲ 设置结果呈现形式


然后直接点击run开始运行,结果表格如下:


0 (4).png

▲ 运行结果


最后进行结果分析,可以直接download结果表格导入R进行分析,也可以点击Figure查看结果图片,有啥图片呢?也不多,就三个:


柱状图,每一根柱子比例都是1,不同颜色表示不同的免疫细胞在样本中所占的比例;


0 (7).png

▲ 柱状图


箱式图,emmm,好像很直观了,应该不用解释吧?


0 (6).png

▲ 箱式图


热图,就是把刚刚结果数据映射到图片上(其实就是比例越高颜色越深嘛,说那么深奥干啥子?)。


0 (5).png

▲ 热图


好了,网站真的很简单粗暴,当然计算免疫浸润细胞的方式还有好多好多种,比如你们见的最多的CIBERSORT,比如生信全书下篇说的xxxxxx,比如ssGSEA,这么多种好好应用一下,也许你也能够发一篇让隔壁师哥羡慕的SCI哦!


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