科研星球

一文掌握RNA seq,RNA seq课程大汇总

jcfm.jpg


RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录RNA折叠以及分子互作发挥功能等。


点击标题阅读相关内容


1.RNA-seq相关名词

详细介绍了RNA seq的专业词、高通量测序常用词、转录组测序问题等,是入门RNA seq较好的资料。



2.什么是RNA-seq?一文读懂

了解了RNA-seq相关基础知识,需要进一步了解RNA seq究竟是什么?能做什么?一文读懂。RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度RNA-seq方法的产生源自于测序技术的世代革新。RNA-seq数据可以让我们知道很多未知的东西,比如,我们可以识别出胚胎干细胞中编码新蛋白质的转录本,可以找到皮肤癌细胞中那些过表达的转录本。




3.RNA-seq测序基本知识

一般来说,NGS测序特别是RNA-seq正在迅速改变实验的设计和执行方式。由于技术的飞速发展,可以公平地说,对于一个特定问题没有单一的正确答案。而且许多RNA-seq项目有多个目标,例如,可能需要鉴定样本中的新基因融合转录物,对已知基因的丰度进行量化,并鉴定已知基因中的任何SNP。

因此,根据研究设计原则提供指导是更为合理的,用户既可以对预期成果充满信心地计划项目,也可以理解为什么做出某些选择。在一项研究中所使用的覆盖范围和平台的数量可能需要进行权衡,而且由于实验室资源有限,因此需要进行权衡。




4.RNA-Seq怎么做,又会遇到哪些问题

这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热,RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。





5.37个RNA-seq工具大PK,教你数据处理方法如何选择

RNA-seq技术的广泛应用为转录组研究迎来了一个新时代。根据研究内容的方向,精度、速度和成本要求不同,科研人员需要对包括采取何种具体测序方法流程、样品类型、所需的分析结果,以及基因组研究现状和计算数据处理可用资源等内容进行权衡。因为涉及的问题复杂多样,如何找到一种最佳的工作流程,在成本和性能要求基础上,通过对RNA-seq分析中涉及到的各个不同环节进行最优选择,便成为是至关重要的问题。




6.RNA-seq分析方法

样本水平分析:转录组相似性

基因水平分析:基因表达动力学

转录水平分析:转录本重构和定量

外显子水平分析:选择性剪接中的外显子包含率




7.RNA-seq高级分析有哪些?

基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)

时序分析

基因融合分析

RNA编辑分析

蛋白互作网络分析(Protein interaction network analysis, PINA)

代谢途径可视化分析



8.最全RNA-seq测序平台简介



视频课程:

「视频教程」RNA-seq转录组数据分析入门实战 8节全

「视频课程」RNA-seq转录组数据分析实战 16节全

「视频课程」临床研究中RNA-seq测序应用


更多RNA-seq相关内容……


QQ客服
电子邮箱
淘宝官店
没有账号?