澳大利亚悉尼大学癌症研究员Jennifer Byrne领导的分析团队，通过对12,000篇人类遗传学论文进行计算机辅助分析，在700多项研究中发现其DNA或RNA序列中存在错误。

研究人员怀疑这其中可能存在欺诈行为，还会导致不可估量的严重后果，因为这表明人类基因研究中有部分是不可信的。

这些遗传序列错误是如何发现的？

自2015年以来，Byrne一直致力于发掘遗传学研究中的错误。当时有五篇文章（现有四篇文章已被撤回）均报道了一项常见实验：用一小段DNA以失活癌细胞中的基因。这些研究实验中报道了错误的核苷酸序列。

Byrne 继续寻找有类似错误的论文。2017年，她与法国格勒诺布尔-阿尔卑斯大学的计算机科学家Cyril Labbé 合作开发了名为 Seek & Blastn 的软件，该软件可以标记潜在错误。具体来说，该软件从论文中提取短核苷酸序列，并将其与公共核苷酸数据库Blastn比对，以检查是否与其靶基因相匹配，最后研究人员确认了一些基因标记与靶基因不匹配。

为了评估问题的严重程度，该团队特意筛选了两个期刊的论文，Gene（检查了2007-2018年发表的7,400 篇原始论文）和Oncology Reports（2014-2018年间发表的3,800 篇开放获取的论文）。此前，这两个期刊都发表过问题文章。经过人工检查，Oncology Reports论文中约12%存在核苷酸序列错误，Gene中为2%。

Jennifer Byrne 

图片来源：Wolter Peeters/The Sydney Morning Herald

Byrne团队还挑选了癌症遗传学的三个子领域（以前也曾发现有问题）：特定类型的microRNA对癌细胞的影响、癌细胞或癌症患者中使用药物顺铂或吉西他滨、消除17个基因其中之一的活性以确定其在癌细胞中的功能。在这些子领域，25%以上（大约600篇论文）论文中的核苷酸序列存在错误。

2021年7月31日，研究人员将发现发表在bioRxiv预印本上，结果表明总共有712篇论文，约占筛选总数的6%，其核苷酸序列存在错误。这些研究发表在78种期刊上，总引用次数超17,000次（其中29项研究发表在Springer Nature出版的期刊上，该期刊表示将调查相关论文）。此外，研究指出712 项研究中只有11项被撤回，3项表达了担忧。

图片来源：bioRxiv

Byrne 表示她的团队已经给所有相关期刊或出版商的编辑发了电子邮件，有些回复会进行调查。Oncology Reports的主编、病毒学家Demetrios表示还没有足够的时间来评估文章指出的所有数据。Gene的主编、分子生物学家Andre Van Wijnen目前也还没有任何回应。

为什么出错？

研究人员指出在发现的人类基因功能论文中，含有错误核苷酸序列的比率高得惊人，此外，这些文章也使用了类似的语言和数字。这些问题论文作者大部分来自中国医院。对此，Byrne怀疑这些论文可能与“文章工厂”—第三方论文代写公司有关。

巴西里约热内卢联邦大学的研究员Olavo Amaral一直致力于可重复性和科学实践方面的研究，他表示由于Byrne团队挑选了特定的论文子集，因此尚不清楚这些发现是否代表了整个遗传学文献，但这警示我们需要重视并解决问题。Amaral说，“考虑到此类错误可以通过自动工具检测到，我认为这说明了定期同行评审非常糟糕，根本发现不了这些易于检测的错误，而这些错误可以通过更系统的质量控制形式进行处理”。

论文中遗传序列错误，对转化基因组学研究构成了重大挑战，不仅浪费了科学家的研究时间，而且由于这些论文可能是伪造的，还使得其子领域可能根本就不靠谱。为了确保高质量和可靠的基因功能研究，迫切需要制定实践标准和指南。目前，一些期刊（包括 Gene）已经建议编辑使用Seek&Blastn检查提交稿件中核苷酸序列的错误。