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Nature | 华鹏等建立新的染色质构象捕获技术

2021年6月9日,来自英国牛津大学James Davies实验室的华鹏博士在Nature上发表了题为Defining genome architecture at base-pair resolution的文章,建立了一个新的3C方法Micro Capture C (MCC)。该方法用一种名为Micrococcal Nuclease的核酶取代了传统3C方法中的限制性内切酶,并且利用生物素核酸探针杂交技术富集了目的基因的信息。因此该方法能够更准确地观察DNA 如何在细胞核内折叠,将现有技术的精确度提升了约 1000 倍。科学家们通过这一新方法能够测量不同 DNA 片段与最近碱基对之间的关系,进而理解基因组空间结构和基因表达之间的联系。


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图1. 比较了MCC与包括HiC在内的传统3C方法在同一基因位点的结果,MCC的分辨率可以达到单碱基精度


基因组序列的差异如何导致罹患相同疾病的病人在临床表现上的不同一直是困扰众多研究者的问题。例如,COVID-19的感染者很多没有任何症状,而在黑人及少数族裔(BAME)人口的重症死亡率较高,遗传背景的不同就是原因之一。目前我们不知道它控制的是哪个基因,以及为什么它会导致BAME效应。基于MCC的高精度数据,我们可以寻找基因突变与相关基因之间的联系, 从而增加相关靶向药物通过早期临床试验的机会。


原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03639-4


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