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解读如何用在线数据库发5分文章

文章基本信息

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分享2019年12月发表在 Cell Proliferation杂志的一篇论著文章,全文使用网络在线数据库进行研究。2019年影响因子刚好5分。

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杂志的影响因子趋势,2018年就接近5分了,2019年5分,似乎还是很靠谱的吧。(注:影响因子查询来源于GeenMedical网站)


摘要

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文章从一个基因家族出发,然后找到一个基因觉得很重要,研究了其表达和预后情况, 请注意方法部分使用的是 一系列的生物信息学工具结果我就不描述了,我不看大概也知道是那些内容。


结果分析

初步分析基因家族表达

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这一步就是Oncomine+TCGA看表达情况.


锁定目标基因验证

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从上一步分析中锁定了一个基因 PKMYT1,然后就用Oncomine中的表达差异数据集提取出来验证其表达。


分析目的基因突变及预后

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进一步选择了 cBioportal,COSMIC,Kaplan-Meier数据库分析其突变,及预后。几个就是下面这样的图:

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目的基因与临床相关性

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目的基因的相关功能分析

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这个结果也很简单,两次共表达分析,挑出共同的基因,做功能富集分析。


共表达网络构建

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相关性共表达

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这个几个就是挑出来一个共表达的基因。实际上这么做的结果并没有很好。GEPIA的结果显示的R只有0.38


关联基因的表达与预后分析

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这个思路也很简单,把关联的这个基因的表达预后也拿出来研究一遍,验证。(全文到此结束了)


总结思考

• 文章全文应用生物信息学工具完成整个研究内容的分析探索,没有任何实验验证。发表在5分的杂志上。吊打了很多整了半天R语言,又是Lassso,又是SVM的各种花哨

• 所有说,做一件事情要投入自己的热情,专心致志的去做,今天学R语言,明天spss,后天SAS。搞了半天,啥也没学会,然后又开始慌。我觉得这位同学做完这一系列的工作之后是踏实的,至少他不用再去慌了。

• 当然了,说归说,要完成整个研究内容,整理数据,撰写文章,投稿,修稿。这一系列的过程肯定也有很多艰辛。


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