就像一套居室里的不同类型房间可以分别起到门厅、卧室、厨房、书房和客厅等功能那样，论文的宏观结构可将具有不同属性的内容分装起来。宏观结构通过一级大纲来划分，必要时可使用二级大纲和三级大纲。这些大纲也像流程图上的节点，可以指引不同属性内容之间的衔接关系，还可以据此生成一目了然的目录。按一级大纲，论文的宏观结构有规范结构和自由结构两大类。具体到每篇论文，到底是使用哪种结构，可以参考目标期刊上相似问题的论文。本文不讨论如何选择类型，只简述这两种结构的定义，一般会有何基本要求。
典型的规范结构的一级大纲，按顺序是引言、方法、结果和讨论。由于引言、方法、结果和讨论的英文单词分别是Introduction、Methods（或Materials and Methods)、Results 和Discussions，因此典型的规范结构也简称IMRaD结构，使用了这四个英文单词的首写字母，其中的a表示"and"（也有说是analysis的）。在引言中，一般先交代问题的背景和面对的主题及其重要性、适当对核心术语进行解释；往下围绕主题，对研究现状进行分析、给出遗留的问题；接下来交代本文的动机（往往是要解决遗留的问题）和思路（即大致如何解决），适当交代本文拟达到的目标（甚至重要性）。一般的引言本来应该在最后交代论文余下部分如何安排，但由于采取了规范结构，因此各部分安排不言自明，不需要另外交代第2节是方法、第3节是结果、第四节是讨论。在方法部分中，一般按顺序交代整体思路、使用的手段（如工具、材料、场地、样品等等）、采取的策略与研究步骤（即获得结果的步骤）、数据处理方法和合理性分析。在结果中，陈述研究发现。依据我们解决的问题，结果形式多种多样。虽然这里无法穷举各种结果，但我们可能还是熟悉一些常见结果的形式：如数据或数据的表格与图形表示；相关性或数学公式；观点等。 研究发现可能只有一条或者多条，无论采取图表、公式还是文字形式呈现，都需要一些其它文字来说明和组织。如果有不同类型的结果，那么最好用子标题区分。在讨论中，一般会对一些结果进行解释、分析结果出现的原因和内在关系、描述不同结果之间有什么关系或共同点、声明什么是最重要的结果以及是否有意外的发现、讨论与前人的结果和结论之间的关系、回答引言中的问题、交代结果是否有使用或推广价值、指出结果的局限与不足、说明是否提出了新的问题或假设、总结结果的广泛意义。IMRaD结构也存在一些变体。一种是IRaD结构，此时，方法或放在结果部分（一般在结果最开始的地方），或放在附录之中。另一种是IMRDaC结构，把结果和讨论组合成一节，称为Results and Discussion，另外加一节结论即Conclusion。有些研究的方法、结果和讨论有明确的定义，适合采取这种规范结构。这种规范型结构在实验类、现象类论文以及综合期刊中常见，但也可能会出现在一些其它类的论文中。
与规范结构类似，自由结构的第一个一级大纲一般也是引言，最后一个一级大纲是结论，两者之间是核心内容。自由结构的引言除了与规范结构的引言一样的内容外，最后还需要交代本文如下部分的安排。结论用于总结全文的要点（问题与方法回顾、主要发现及其意义），适当交代与其它工作相比有什么贡献，最后可以指出论文可能的不足和未来可以开展的研究方向。最体现自由结构特点的是中间的核心部分，往往包含若干一级大纲以及一些二级甚至三级大纲。核心内容的大纲划分有并联型和串联型两大类。
并联结构举例
| 串联结构举例
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“第2节 奔跑速度与腿长的相关性” “第3节 奔跑速度与体重的相关性” “第4节 奔跑速度与骨骼的相关性” | “第2节 奔跑速度的相关性分析法” “第3节 相关性分析法的验证” “第4节 相关性分析法的应用” |
对于并联型，核心部分的各一级大纲处理不同类型的、相对独立的问题或呈现不同类别的结果，一般各自有自己的方法、结果和讨论。虽然各一级大纲的内容不一定存在前后关系，但还是需要按某种逻辑结构排序，如时间先后（虽然不是承前启后）、空间远近、问题大小，或从简单到复杂、由具体到抽象等。串联型是指存在逻辑关系的类型，按承前启后的顺序排列，即如果某一节要用到另一节的内容，那么应该把被用到的排前面。无论是串联型还是并联型，可以用几个原则来指导划分核心部分的一级大纲：如果问题重要，可以把问题分解为几个前后关联的子问题，按问题分一级大纲。
如果发现重要，可以把主要发现分解为前后有关系的几个发现，按主要发现分一级大纲。
如果方法重要，可以把研究方法分解为几个前后有关联的关键步骤，按方法步骤分一级大纲。
不管以什么方式分解，在某个甚至每一个一级大纲下可能有相应的子问题、方法、结果、分析和结论。如果是这样，那么在相应的一级大纲下，可以按子问题—方法—结果—分析—结论这样的顺序介绍，也可以使用别的逻辑结构，如数学论文可能先陈述问题的定义、一些必要的假设（因为某些定理可能是在一些假设下才成立），接下来证明引理，再接下来声明并证明定理，最后给出一些推论和举例，以及与论文其余部分的逻辑关系。如果自由结构的某一级大纲下有独立的问题、方法、结果和讨论，也可以先交代问题，接下里按规范结构交代方法、结果和讨论，也可以按一级大纲那样，采取某种自由结构。
