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收藏!分子机制图规范及要点

分子机制图的重要性:


1. 一个好的分子机制图既能让审稿人/专家一目了然的知道我们的研究工作,绘的漂亮的图也能让整个标书显得高大上,给评审/专家一个好的印象。


2. 能够让评审最快速地了解清楚你的研究思路,看懂你的科学假说,所以贵在简明扼要。


一、分子机制图定义


定义:应用简洁的图形、文字、线条等形式描绘分子之间的作用机理。

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二、绘制分子机制图


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建议作图:由外(细胞膜外)及内(膜内),由上游至下游。可先将信号通路机制做出来之后,再将MicroRNA或LncRNA对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制放在之后做,这样思路清晰就不容易出错。

如何绘制分子机制图?

作图软件1:
Pathway builder 2.0
优点:简单方便,快速入手,包含大量元素,自带模板
缺点:软件反应慢,分子结构图不够全面,没有LncRNA与microRNA分子图,不能调节元素大小。

作图软件2:
PowerPoint (Scienceslide)
优点:适合零基础,作图漂亮
缺点:2010版本以上office不能安装插件。
专业、强大、应用广泛:PhotoShop、Indisign、Illustrator、CorelDraw

三、案例模板


7种分子机制图案例模板:

1. 间充质干细胞源性外泌体-miR-375作为潜在的喉癌治疗手段。

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2. 长链非编码RNA MALAT1结合miR-375调控MTDH 基因的表达影响卵巢癌发生发展的作用机制。

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3. miR-143靶向FOSB基因介导JNK/c-Jun信号通路对非小细胞肺癌上皮转化及转移的作用机制。

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miR-143靶向FOSB基因,抑制JNK/c-Jun信号通路阻止非小细胞肺癌上皮间质转化及肿瘤细胞浸润转移过程。

4. LncRNA AFAP1-AS1通过AFAP1-AS1/ miR-9500/PBX1信号轴调控结肠癌化疗敏感性的机制研究。

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5. PTX3介导NF-κB通路调控缺血性脑卒中内皮祖细胞功能及血管新生的机制研究。

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PTX3能够通过激活NF-κB参与IS的发生和发展,并且沉默PTX3治疗脑卒中的作用可能与调控缺血脑组织EPCs功能和血管新生有关。

6. IL-17介导p38MAPK信号通路调控MMP-9影响正畸牙髓炎性根吸收的机制研究。

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7. 嘌呤能受体P2X7的转录调控在创伤性急性肺损伤中的机制研究。

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5个中标案例分析:

1. LncRNA-OC募集TRIM8促进TAK1泛素化介导破骨细胞分化减弱在强直性脊柱炎病理性成骨中的作用及机制研究。

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2. HLA-A2 抗体通过 Src-钙信号通路诱发 TRALI 的作用及相关机制研究。

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HLA-A2 抗体可能通过磷酸化 PMN 胞内 Src,诱导 PSGL-1 和 LFA-1 等表面粘附分子的上调表达和重分布,增强 PMN 对肺血管内皮细胞的粘附特性,同时通过上调 PMN 炎性因子的分泌及 PMN 胞内 Src-钙信号通路增强钙响应信号而促进 ROS 的产生, 介导肺血管内皮细胞损伤,从而诱发 TRALI 。

3. MicroRNA-30b通过调节自噬参与慢性肾脏病血管钙化的机制研究。

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①高磷通过调控 Wnt/β-catenin 信号通路对细胞自噬产生作用,从而影响细胞钙化过程;同时,Wnt/β-catenin 通路通过 pit1 调控细胞钙化(虚线部分)。

②高磷下调 miR-30b 表达,进一步通过 Beclin1 和 Wnt5A 直接和间接地参与对自噬的调控,产生抑制钙化的效应。

4. LincRNA-p21通过p21及p53通路调控细胞增殖与凋亡参与动脉粥样硬化的分子机制研究。

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5. 内质网介导的细胞凋亡和炎症及破骨细胞分化信号通路在假体周围骨溶解骨组织中的作用及机制研究。

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5个错误范例分析:


1. 优点:调节机制一目了然;缺点:画风粗犷、颜色搭配不合理,箭头颜色和分子结构颜色太接近,不好辨认。

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2. 优点:作用机制简单明了;缺点:lncRNA显得很孤单?

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3. 缺点:没有统一名称(PKD1和Polycystin是一种蛋白)、作图粗糙。

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4. 优点:画面简洁;缺点:字体较小 、趋势标线不好理解 、没有重点 、受体多余。

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5. 缺点:miRNA 如何调控基因不明确、受体多余。

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四、经验总结



1. 磷酸化和去磷酸化的过程注意在分子相对应的蛋白上加上或去掉磷酸基团的图案;

2. 箭头如果指的是上下游的关系,应该在箭头处说明上下游是促进还是抑制的关系;

3. 标书中的机制说明图也可以从经典文章中找一些图片,略加修改后直接使用,但不建议用文献中的机制图;

4. 基金标书的申请一般需要1-2张分子机制图;

5. 尽量精简,一目了然。


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