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记录噬菌体与细菌间的战争,顶刊级模式图这样画!

噬菌体作为获得过两次诺奖的对象,自发现以来已有百余年历史,其研究和应用也受到了人们的广泛关注。随着抗生素耐药问题的日益严重,超级细菌对抗生素的抵抗力让临床上几乎无药可医。利用噬菌体作为治疗载体、靶向调控致病细菌以及诱导免疫调节或将成为治疗超级细菌的杀手锏。

最近读到一篇今年9月份发表于cellular & molecular immunology上的综述[1],该综述描述了噬菌体生物学新的研究进展并强调了对噬菌体-细菌-宿主相互作用机制的理解如何促进新型噬菌体疗法的研究。其中的插图长这样,描绘了噬菌体-细菌相互作用机制,看上去简洁大方高级,这么好看的插图怎么借鉴到自己文章里呢?下载.jpeg


因此我又找了几篇顶刊上的文章来分析噬菌体-细菌相互作用模式图的绘制套路。如这篇[2]发表于nature reviews microbiology上的综述,图2描绘了噬菌体在细菌致病性和进化中的作用。下载 (1).jpeg


这篇今年发表在nature上的综述[3],图1描绘了细菌的抗噬菌体机制在噬菌体生命周期不同阶段的作用。

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下面这篇发表于mucosal immunology上的综述[4],图1描绘了噬菌体的生命周期。下载 (3).jpeg


顶刊级的插图欣赏完了,分析了一下它们的绘制要素:主要当然就是噬菌体和细菌了,再加上一些曲线和圆构成遗传物质,箭头串联起相互作用关系,添加文字描述,完事儿!




首先绘制噬菌体

1. 选择多边形工具,绘制一个六边形。

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2. 选择圆角矩形工具,画两个圆角矩形。按住圆角矩形工具不放,按键盘方向键可调节圆角的大小。

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3. 继续用圆角矩形工具画两个细长的圆角矩形置于下方,用选择工具调整圆角矩形的摆放位置和旋转角度。选中两个对象,鼠标右键——变换——对称,调出镜像选项,点击“垂直”,选择“复制”,复制一份置于左侧。选中四个细长的圆角矩形,右键——排列——置于底层。

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4. 用圆角矩形工具再画一个圆角矩形,如右侧所示,填色和描边,并按住alt键复制一份。换用直线段工具,按住shift键,画一根竖线,置于圆角矩形中间,连接两侧的对象。最后用矩形工具画一个矩形,填色,不描边,右键选择排列——置于底层。

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5. 选择工具选中“4”中所绘制的图形,调出画笔面板(菜单栏“窗口”中可找到),选择新建画笔,选择图案画笔,点击确定,建立新画笔。

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6. 选择直线段工具,按住shift键画一条竖线,点击画笔面板中新建的画笔,竖线将会填充上连续的画笔。通过设置描边粗细调整此画笔的大小,通过选择工具调节此画笔的长短。最后右键,排列——置于底层。

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7. 接下来绘制竖线以下的部分,红框中的对象可以复制上方橙色的对象,通过选择工具进行变换和微调。

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8. 选择多边形工具,鼠标左键拖拉多边形的同时,按方向键“↓”键,可调节多边形的边数,直到调节成三角形,绘制一个等边三角形。通过选择工具把等边三角形调节成锐角三角形,并置于噬菌体的底端。

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9. 选择钢笔工具,画一条折线,置于底端。用宽度工具,调节端点的描边粗细,制造出尖端。

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10. ctrl+c复制两份折线,通过直接选择工具调节折线的位置和角度。然后用选择工具框选三条折线,右键——排列——置于底层。同样框选这三条折线,右键——变换——对称,调出镜像选项,如前所述选择垂直对称,复制一份,置于左侧。


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11. 最后可以选择铅笔工具,按enter键调出选项,设置保真度为平滑,在六边形里面画曲线代表DNA。选择菜单栏的对象——路径——轮廓化描边,将此曲线变成对象,此时可以设置曲线的填色和描边。

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这样,一个噬菌体就画好啦!

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配色方案的调整同样可以通过“重新着色图稿”功能实现,如下图所示。

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接着来绘制细菌


细菌的绘制比较简单,可以通过圆角矩形工具画一个圆角矩形,然后设置填色为渐变,渐变类型选择径向,然后设置描边颜色和粗细。

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将噬菌体和细菌组合并添加其他次要元素



1. 将噬菌体和细菌摆放成如图所示的位置,将吸附在细菌上的噬菌体里的遗传物质删除。

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2. 用铅笔工具,和画噬菌体里的遗传物质一样的步骤,画条曲线,由噬菌体通向细菌。


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3. 椭圆工具绘制一个椭圆,只描边,不填色。换用剪刀工具在椭圆两侧各点击一下,剪出一段弧线。选用吸管工具,将这段弧线描边成和噬菌体里遗传物质一样的颜色。

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4. 最后用直线段工具画箭头,用文字工具添加文字。



噬菌体-细菌作用模式图里的一个模块绘制完成!对这些元素进行复制粘贴,即可完成整幅插图的绘制。

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实际上,上述几幅顶刊插图中的噬菌体均没有绘制得这么复杂,所以大家可以根据需求把噬菌体的绘制步骤简化。

 

参考文献

[1] Federici S, Nobs SP, Elinav E. Phages and their potential to modulate the microbiome and immunity. Cellular & molecular immunology 2020.

[2] Salmond GP, Fineran PC. A century of the phage: past, present and future. Nature reviews. Microbiology 2015; 13: 777-86.

[3] Hampton HG, Watson BNJ, Fineran PC. The arms race between bacteria and their phage foes. Nature 2020; 577: 327-36.

[4] Sausset R, Petit MA, Gaboriau-Routhiau V, De Paepe M. New insights into intestinal phages. Mucosal immunology 2020; 13: 205-15.


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