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解读文献里的那些图—气泡图

今天给大家带来的是经常在基因富集分析(功能分析,通路分析)时见到的气泡图!


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初见此图时,我称它为大小不一的彩点图,但是隐隐约约又觉得似曾相识,我们……在哪儿见过?深究之后,原来这货就是散点图的变种——即把数据点替换为气泡!这么好看,放在文章中定会比散点图增色不少!

 

这种图大致分为三类:散点图,普通气泡图,高级气泡图。它们的作用都是从一定维度直观的展现数据,以便对数据进一步分类或比较。这三种图形的不同点在于它们展现的维度不一样,即——散点图:从X,Y轴二维展示数据;普通气泡图:只有一种颜色,从X,Y轴,气泡大小三维数据展示;高级气泡图:彩色,多了一抹妖艳,自然是多了点功能,从X,Y轴,气泡大小,气泡颜色四维展示数据!

 

我们今天重点分析高级气泡图!

 

那么遇到这类图该怎么看呢?

Emmmmm,还是那句话,天下各图本一家,看看横坐标纵坐标都代表什么呢?

 

根据文章作者的分析目的,气泡图各参数有以下几种意义:


Y轴:代表细胞的生物学功能(诸如生物过程BP,分子功能MF,细胞组分CC)或者各分子发挥功能的通路(如代谢途径,致癌途径等等);


X轴:常见的有这三种——GeneRatio是你的基因列表富集到目的通路基因数占基因列表包含基因集总基因比例,richFactor是富集到目标通路基因数占比,BgRatio是目标通路基因占通路集总基因比例。总之一个词,比例;


气泡面积大小:富集基因的数量;


气泡颜色:富集显著性,即P value 或 Q value数值的大小。

 

看下图实例:

 

 

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以最下面的这个气泡为例,所筛选出来的差异基因有2.5%(横坐标)富集在致癌途径(纵坐标)中,基因数量是9个(气泡大小),且相关性较高(红色)


当然,实际阅读文献过程中,作者可能会根据自己需要进行个性化调整,大家要注意识别横坐标纵坐标的意义!


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