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解读文献里的那些图——瀑布图

在研究基因组的文章,或者是生信的文章中,经常可以看到waterfull图,也就是瀑布图,这种图一眼看上去,像是瀑布倾流而下,故得名瀑布图,遇到这样的图,从哪里下手分析呢?


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  • 中间主体灰色的一部分,横坐标是样本,纵坐标是基因;
  • 有颜色的,说明该基因在该样本中发生了突变,根据后面条形图可以对应知道突变的频率,这里面颜色越接近黑色,突变频率越高;
  • 最上面的柱状图反应的是该样本这些基因总的突变情况;
  • 不同的颜色,反映的是样本的具体的突变情况,是移码突变,还是错义突变等等。

通过瀑布图,我们可以快速的找出所有样本中突变个数最多的基因(右侧柱状图);还可以快速确定某个样本中哪类突变占比最大(上侧柱状图)。
 
除了研究基因的文章,在一些基础文章以及临床文章中,我们也经常能看到瀑布图的身影。

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   在这张图中展示了不同药物治疗2周后,小鼠肿瘤的大小变化。柱状图在0以上表示治疗后肿瘤有增大,在0一下表示有缩小。可以看到,与对照组(vehicle)相比,PD-1与CXB联用肿瘤反应率高达65%。

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      这张图展示了一种新的治疗方法对病人肿瘤治疗的疗效,肿瘤缩小>30%表示PR(部分缓解),<30%表示SD(疾病稳定),肿瘤缩小达100%表示CR(完全缓解)。可以看到,所有柱状图均在0以下,表示所有病人的肿瘤都是有所缩小,且绝大部分都达到了部分缓解的状态,治疗效果显著。
 
其实瀑布图本质上是一种柱状图,这种图形采用绝对值与相对值结合的方式,能够在反映数据多少的同时,直观地反映出数据的增减变化过程,反映数据在不同时期或受不同因素影响下的结果。


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