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如何用Graphpad Prism 8制作火山图

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01

 数据预处理。

小编用手里现有的组学数据进行分析(因为数据比较多,截图只展示一部分),首先将数据按Log2FCFDR进行筛选,选出显著上调、显著下调和差异不显著的基因(这里筛选标准为Log2FC<-1.2>1.2FDR < 0.05)。


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(部分原始数据)


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02
数据录入和标准化


我们将处理好的数据输入到PrismXY表格中,做散点图。

                                               

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首先将FDR值进行标准化。对FDR (up)(down)(ns)3列取对数,进行标准化(当然也可以在Excel表格中进行对数标准化,在这里不赘述):点Analyze,选择Transform,对数据进行标准化。


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(数据标准化过程)


然后在弹出的计算公式窗口中选择内建的“Y=-1*log(Y)”,点OK完成计算,得到标准化后的数据。


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(数据标准化计算结果)



03

原始结果输出与图标优化


通过以上的数据分析处理,我们得到了初步的散点图,不过这跟真正的火山图还差很远,需要进行调整,这个过程比较复杂,所以在这里说的详细一些。


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(原始结果图)


首选是坐标轴调整。先双击坐标轴,在Format Axes选项卡中设置横坐标居左、图片形状为Square(方形),也可修改坐标轴的“包围”。再将横、纵坐标调整到合适大小(根据自己的数据结果调整)。在本例中我们选横坐标为(-4.5~4.5),纵坐标为(-0.5~15),纵坐标选择-0.5是为了让数据的“散点”不贴在横坐标上。其他的如坐标轴文字、图例说明等基本设置不再赘述。


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然后再添加辅助线标识。在坐标轴的指定位置添加辅助线(筛选标准),这里X轴的-1.2和1.2处加两条辅助线,在Y轴的1.3处(-log10 0.05=1.301)添加另一条水平的辅助线。Details下的“”按钮,可对辅助线的样式进行更自由的调整。


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最后双击“散点”,进入Format Graph选项卡,将各组shape改为实心圆,将Size改为1。再分别将upnsdown三个数据集的散点改为不同的颜色(在这里选用红、灰和蓝色)。然后继续调整Data Sets on Graph选项。改变三组“点”的图层顺序,将灰色(ns)的点置于底层。然后就大功告成了。


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最终的效果,请参考:


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