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集合多种功能的转录调控数据库:hTFtarget

我们知道基因在表达的过程当中,收到很多因素的调控。其中转录因子对于基因的调控就是其中的一种方式。目前对于转录调控的研究,在高通量测序方面主要还是通过类似chip-seq这类的方式来进行研究。对于转录调控的预测主要也是看是否存在某一个转录因子的chip-seq数据库。目前已经有了很多转录因子调控的调控的数据库。比较经典的有:JASPAR、CHEA3等等。今天就来介绍一个新发表的转录因子调控数据库。


hTFtarget 

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/ 


下载.jpeg

1. 内置数据介绍

之前我们在介绍ENCODE时候也介绍过,这个组织做了多种转录因子的chip-seq数据。另外还有一些其他作者可能做的新的转录因子的chip-seq数据储存于SRA数据库。所以作者就收集了这两个公共数据库当中的转录因子的chip-seq数据(569个转录因子)。在收集好数据之后,经过了常规的流程化分析之后,就得到所有转录因子调控的基因。基于上面分析的结果,进而构建了这个数据库。下载 (1).jpeg

2. 主要功能介绍

这个数据库不仅可以检索转录因子调控的基因,还可以检索某一个基因收到那些转录因子调控。另外也可以多个转录因子之间对那些基因存在共调控关系。功能还是比较丰富的。所以今天就来介绍一个这个新的数据库吧

2.1 转录因子调控基因查询

如果我们有目标转录因子,想要查看这个转录音主要调控那些基因的话,可以使用这个功能。在这个功能里面,我们可以直接浏览所有的转录因子,选择自己想要看的转录因子以及相对应做的结果的细胞系,下载 (2).jpeg

然后点击Details即可获得在具体细胞系当中目标转录因子可能调控的基因了。下载 (3).jpeg

2.2 寻找目标基因的转录因子

如果我们想要查找一个基因收到什么转录因子调控的话,可以使用这个功能,我们只需要输入想要查找的基因即可。在搜索到目标基因之后,点击details即可获得所有相关的结果。下载 (4).jpeg

2.3 共调控查询

我们知道一个基因肯定不止收到一个转录因子调控,同时一个转录因子也调控多个基因。如果我们想要查询多个转录因子都调控哪些基因的话,可以尝试使用这个功能。我们要做的就是输入想要查询的基因即可。例如我们想要查询MYC和GATA1这两个转录因子调控哪些基因。在输入完,点击提交之后,就可以获得相关的基因了。下载 (5).jpeg

2.4 转录因子相关性查询

有时候我们在研究一个转录因子的时候,想要知道这个转录因子和哪些转录因子调控的基因相似。这个时候就可以使用这个功能了。在这个界面,我们的需要点击界面左侧的具体细胞系,然后选择目标转录因子即可。下载 (6).jpeg

以上结果当中,其条形图越长的代表其相关性越大。

数据库使用场景

以上就是这个数据库的基本功能。基本的使用场景的话,只要是研究转录调控的其实都可以使用的。而且数据库包含了各种功能。应该能满足左右大多数人的需要的。



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