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cncRNAdb:研究cncRNA的必备数据库

分子生物学的“中心法则”通常将信使RNA(mRNA)作为蛋白质合成中携带信息的中间产物。近些年来,各种不编码蛋白的RNA(ncRNA)被发现,如microRNAs、lncRNA和CircRNA,其功能范围包括从表观遗传调控到转录调控和信号转导。因此,目前对RNA主要根据蛋白质编码能力分为mRNA和ncRNA。

然而,近年来的研究表明,许多以前注释为ncRNA的RNA具有蛋白质编码功能。例如,LncRNA LINC00961可编码一种名为SPAR的肽,它可以与溶酶体v-ATPase相互作用,负向调节mTORC1的激活。另一方面,一些mRNA也被证明具有独立于其所编码蛋白质的非编码功能。例如,p53的mRNA可以与MDM2相互作用,阻断E3连接酶的活性,刺激p53 mRNA的翻译。这些研究证据表明,在某些情况下,某些mRNA可能能够发挥与ncRNAs类似的调控功能。

有鉴于此,研究人员将同时具有蛋白质编码和非编码功能的RNA被称为“cncRNA”。在某种意义上,cncRNA的发现模糊了“编码”和“非编码”RNA之间的界限,并促使研究人员重新考虑RNA的功能和进化。近年来,越来越多的cncRNAs被鉴定出来,包括可翻译的(translated)ncRNAs和可不被翻译(untranslated )的mRNAs,也有一些研究开始结合不同的高通量实验技术,如质谱、核糖体图谱和基于CRISPR的筛选来识别cncRNAs。


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近日南方医科大学的Yang Zhang教授课题组在国际著名学术期刊《Nucleic acids research》发表了cncRNAdb数据库,该数据库记录了约2600条人工整理的cncRNA功能条目,并提供了实验证据,涉及20多个物种的2000多个RNA(包括1300多个可翻译的ncRNA和600多个翻译的mRNA)。cncRNAdb的网址为:http://www.rna-society.org/cncrnadb/

下面小编将为大家介绍下该数据库的基本情况:


主页展示

进入数据库后,大家可以在顶部看到一些重要的模块,下面会有对该数据库的介绍和数据统计情况。
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Search模块


点击进入Search模块后,可以看到3中搜索模式

 大家可以在选择好“RNA Type”和“Organism”后,在下拉栏里选择“Gene Name”或者“Disease Name”,再在输入栏里输入基因名或者疾病名,点击搜索就可以显示结果;

  另外,大家也可以通过定位染色体位置信息来搜索cncRNA;

 最后,还可以通过输入蛋白质或者核酸序列信息进行搜索。


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我们以数据库中默认的VEGFA为例进行搜索,得到如下结果搜索界面,点击右上角的Download信息可以下载结果,也可以通过点击Detail栏里的more来查看具体信息。
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Detail里包含如下数据信息:


① 基本信息,如基因名,不同类型的ID,染色体定位信息,物种


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② 实验证据信息,如实验类型、实验方法、细胞类型、实验证据描述。
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③ 同源信息,在其他物种里的同源结果。
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④ 文献来源信息和亚细胞定位信息。
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Browse模块


开发人员在这部分做了一个结构树来展示数据库所包含的数据。大家可以根据自己的兴趣和需要,进行查找,点击白色的图标就可以进去查看相关结果。


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得到的结果如下界面所示。会有包括RNA类型、肽段长度、组织或细胞类型以及物种信息,大家同样可以通过点击“more”来查看信息,得到的结果跟上面一致。
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submit模块


在这个模块里,大家可以提交自己的研究里所发现的cncRNA数据信息


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Downdload模块

如果大家需要把数据下下来自己慢慢地淘金,也可以在Download界面把相关数据都下载下来。

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以上就是对cncRNA数据库的介绍。总而言之,cncRNAdb作为这个细分领域的第一个数据库,提供了一个用户友好的界面来查询和浏览这些cncRNAs的详细信息,给大家节省时间精力的同时,可以帮助大家整合、分析和预测cncRNA的同时,从而更好地对RNA的结构和功能进行研究。



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