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疗效药靶数据库TTD2020版介绍及使用方法

TTD(Therapeutic Target Database) 提供了药物的主要靶标(primary target)的相关信息。该数据库从2002年上线以来,已经过多次升级更新,目前的最新版是今年上线的TTD2020版。TTD2020的网址如下:

http://db.idrblab.net/ttd/

http://db.idrblab.org/ttd/


一、靶标分类

     虽然药物通常调节多种蛋白的活性,报道过的受药物靶向的蛋白已有上万个,但截止2006年,报道的与已批准药物的治疗效果直接相关的主要靶点的数量仅有324个【1】。TTD数据库认为只有疗效药靶才对新药设计具有实际意义。数据库从多个来源收集和核实了药物的疗效药靶,其记录的疗效药靶考虑了药物对靶点的活性、有活体实验(如基因敲除等)验证药靶在疾病模型中的作用、有药物对靶点的作用能在疾病模型(细胞、体外或活体)中产生疗效的实验证据。

    TTD2020中的疗效靶标分为成功靶标(至少对应一种批准的药物)、临床试验靶标(对应临床试验药物,但没有批准的药物)、专利记录靶标(在专利和后续文献中引用)和文献报道的靶标。TTD2020版收录的靶标和药物数量见下表【2】。     

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二、升级内容    

      TTD2020版进行了以下升级:

(1)纳入了两类靶标调控分子,即microRNAs(MiRNAs)和转录因子(TF),对于TTD中成功的(批准的)、临床试验、专利记录和文献报道的靶标的调控。

(2)增加了与TTD中的靶标直接相互作用的蛋白。

(3)增加了从专利内容和文献中检索到的专利治疗药物及其靶标。

(4)更新了最近发布的国际疾病分类代码ICD-11,用于TTD中的靶标,以方便使用ICD代码获取靶标信息。

(5)对自上次更新以来最近出现的靶点和药物的更新,包括以前未纳入的嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)治疗的靶抗原类别和免疫治疗靶点的小分子和肽类抑制剂。 

       升级内容的统计数据见下表:

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    TTD2020还收集整理了目前所有临床和临床前研究的COVID-19候选药物信息,确定了每种药物对COVID-19的主要疗效药靶。共包含308个药物分子实体信息和59个疗效药靶的信息(2020.10.13日搜索)。


三、搜索示例


  1.  靶标、药物、疾病信息搜索

    在TTD主页的相应搜索框里,分别输入想要查询的靶标、药物或疾病的名称,就可以搜索到靶标相关信息(包括基本信息、相关药物、调控该靶标的microRNA和转录因子、与该靶标相互作用的蛋白、该靶标作用的通路等)、药物相关信息(包括结构、疗效靶标、作用的通路等)、疾病的疗效靶标和对应药物。见下图。

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2.   搜索结构相似的药物,进行靶标预测

 (1) 点击 Advanced Search -> Drug Structural Similarity

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(2) 输入小分子结构式(如smiles结构),点submit

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获得结构相似的药物列表如下,点击相似分数高的药物的链接,进入药物信息页面,可以将对应药物的靶标预测为输入分子的靶标。

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3. 搜索COVID-19的药物和疗效靶标

点击Advanced Search -> Coronavirus Search

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在靶标搜索框里,输入COVID-19,点Search, 可以获得所有疗效靶标列表;在药物搜索框里,输入COVID-19,可以获得所有药物列表

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参考文献:

【1】Overington JP, Al-Lazikani B,Hopkins AL. How many drug targets are there? Nat Rev Drug Discov 2006;5(12):993-6

【2】Wang Y, Zhang S, Li F, Zhou Y, Zhang Y, Wang Z, Zhang R, Zhu J, Ren Y, Tan Y, Qin C, Li Y, Li X, Chen Y, Zhu F. Therapeutic target database 2020: enriched resource for facilitating research and early development of targeted therapeutics. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D1031-D1041. 


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