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外泌体研究常用数据库

外泌体(exosomes)是一类由细胞分泌的胞外囊泡结构,依据大小和发生分为三类即外泌体、微泡和凋亡小体。外泌体包含RNA,蛋白质和脂质,在疾病标志物、生理病理功能、天然药物载体等方面都被发现扮演着很重要的角色。近几年里,国自然项目中外泌体的中标项目飙升,成为国自然“新宠”。

小编今天为大家分享九大外泌体数据库,助您了解和使用这些数据资源,更好地开展外泌体研究工作。


01
ExoCarta数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库

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ExoCarta数据库是一个涵盖外泌体蛋白质、RNA、脂质体以及生物标志物的综合数据库。

当前收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、牛等物种来源的286项研究数据,总计超四万个蛋白数据,近5000个mRNA,近3000个miRNA、1000多个脂质数据。

ExoCarta数据库与Vesiclepedia数据部分相通,具有动态的蛋白质-蛋白质相互作用网络和外泌体蛋白质的生物学途径研究板块。可以下载最常用的外泌体蛋白,下载的文件可直接导入FunRich工具中,进行其他功能、生物学途径和交互网络分析。此外ExoCarta数据库可作为候选外泌体标记和突变致癌蛋白的储存库。


02
Vesiclepedia 数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库

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Vesiclepedia数据库是一个细胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索数据库。

目前Vesiclepedia数据库收录了41个物种的1254项EVs研究的将近35万个蛋白数据,27646个mRNA,10520个miRNA、639个脂质数据。

Vesiclepedia数据库主要包括Apoptotic blebs 凋亡小泡、Exosomes 外泌体、Microparticles 微粒体、 Microvesicles 微囊泡等细胞外囊泡数据。

Vesiclepedia数据库可以根据物种、囊泡、分子和样品类型等不同的搜索条件来检索和下载数据,不仅提供了与EVs鉴定分子研究相关的实验描述和分子数据,而且支持鉴定Western blotting以及基于质谱仪的肽细节和串联质谱数据。另外,Vesiclepedia数据库还提供FunRich插件,以供用户进行进一步的数据分析。

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FunRich数据分析


FunRich是一个独立的软件工具,主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析。分析结果可以以韦恩图,条形图,柱形图,饼图等图形表示。


03
EVpedia数据库:外体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

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EVpedia数据库是一个来源原核和真核生物EVs的全面的蛋白质组、转录组和脂质体数据库。该数据库汇总了原核生物、非哺乳类真核生物和哺乳动物EVs组分(蛋白质、mRNA、miRNA、脂质)的高通量分析数据。

EVpedia数据库还提供一款分析工具,可用于如检索和浏览EVs成分、GO富集分析、蛋白质组和mRNA的网络分析等。


04
exoRBase数据库:人体液来源外泌体circRNA、lncRNA和mRNA 数据库

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exoRBase是一个人体体液来源外泌体的circRNA、IncRNA和mRNA的数据库。

exoRBase收集了4种人体体液(血液、尿液、脑脊液、胆汁)来源外泌体的RNA-seq 数据,提供了全面的注释和表达谱。有助于从人体体液中识别新的长链RNA,以及发现新的循环生物标志物,提供肿瘤诊断和治疗新的研究思路。

exoRBase数据库目前收录了869例血液,16例尿液,5例脑脊液以及15例胆汁来源外泌体样本数据,共计个19643个mRNA、15645个lncRNA和79084个circRNA数据,并提供了注释和表达水平和可能的来源或细胞组织。

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长链RNA 数据


05
EVmiRNA数据库:miRNA数据库

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EVmiRNA是细胞外囊泡(EVs)的miRNA数据库,收录了17种组织/疾病来源的462个EVs 的smRNA测序数据。活细胞释放的细胞外囊泡(EVs)包括外泌体和微囊泡(MVs),它们包含来自亲代细胞的各种分子,是疾病诊断和治疗生物标志物的潜在来源。由于其重要的功能和生物标志物特性,miRNA是EVs中研究最深入的分子类型。因此,EVmiRNA数据库主要收集EVs中全面的miRNA表达谱,包括miRNA调控途径、miRNA功能、miRNA相关药物和相关文献支持miRNA生物标志物等。

EVmiRNA数据库提供了3种功能性模块:(i) EVs样本信息,可以了解外泌体或微囊泡样本来源的癌症类型,miRNA表达情况等;(ii) miRNA注释信息,包含miRNA表达谱,miRNA相关药物,miRNA调控通路以及miRNA功能及相关文献等;(iii)特异性miRNA,不同来源和癌症样本的特异性miRNA是潜在的miRNA生物标志物。

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EVs来源


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EMBL-EBI数据库;外泌体蛋白功能分析数据库

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EMBL-EBI拥有最全面的免费和最新的分子数据资源。EMBL-EBI外泌体数据库是一款针对外泌体蛋白GO功能分析的综合注释数据库。该数据库与 Dr S Mathivanan (La Trobe Institute, Dr A Kalea – UCL)及外泌体数据库Exocarta和Vesiclepedia紧密合作,识别用于注释的靶蛋白以及外泌体实验方法学的注释。

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QuickGO-GO功能注释分析


07
exRNA图谱数据库:外显子RNA数据库

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exRNA Atlas数据库是美国国家卫生研究院Extracellular RNA Communication Consortium (ERCC) 的数据库,由ERCC创立,旨在推动研究人员共享资源,建立exRNA研究的统一标准。exRNA Atlas数据库涵盖来自人和小鼠生物体液的小RNA测序和qPCR衍生的exRNA图谱。

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exRNA数据

exRNA包括mRNA以及多种非编码的RNA类型,如miRNA, piRNA, tRNA, lncRNA, 核仁小RNA等。exRNA的广谱存在以及多样性提示我们,其很可能参与了重要的生物学过程,调控正常的生长发育以及癌症和疾病的发生。对exRNA的研究有着重大的意义,可以使用exRNA Atlas数据库搜索感兴趣的特定ncRNA的 exRNA图谱数据。


08
EV-TRACK数据库:外泌体研究实验数据库

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EV-TRACK数据库,记录了EVs相关研究的生物学和方法学参数,基于MISEV评估EVs分离及鉴定相关参数。

EV-TRACK数据库可用于(i)研究人员之间相关实验参数交流;(ii)提高研究EVs的实验的可重复性和解释性;(iii)记录EVs研究的进展;(ⅳ)查询已发布的EVs研究数据。其最终目的旨在规范EVs研究,促进EVs研究的标准化,便于将实验规范应用于实际研究中。

目前EV-TRACK数据库收录了4897个外泌体实验数据,由9个实验参数组成:富含蛋白质EVs、富含蛋白质非EVs、定性和定量分析、电子显微镜图像、密度梯度、EVs密度、超速离心、抗体特异性、裂解液制备。

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EV-TRACK数据库实验参数


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Urinary Exosome Protein Database:尿液来源外泌体蛋白数据库

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Urinary Exosome Protein Databas(尿液来源外泌体蛋白数据库)是基于NHLBI ESBL已发表的蛋白质谱数据建立的数据库。所有数据均来自健康的人类志愿者尿液分离出来的外泌体。数据库目前包含了用两种不同的质谱仪(LCQ与LTQ质谱分析仪)来鉴定人类尿液来源外泌体的蛋白质。

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外泌体形成和排泄机制


关于外泌体常用的数据库就介绍到这里,这些数据库涵盖范围广且基本是公开免费的,可以轻松进行在线分析,相信这些数据库会对您外泌体研究效率和思路起到重要的指引作用,也是进行生物信息分析的利器。



网址导航

  1. ExoCarta数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库

    网址:http://www.exocarta.org

  2. Vesiclepedia 数据库:外泌体蛋白质、RNA和脂质体数据库

    网址:http://www.microvesicles.org

  3. EVpedia数据库:外体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

    网址:http://www.evpedia.info

  4. ExoRBase数据库:人体液来源外泌体circRNA、lncRNA和mRNA 数据库

    网址:http://www.exorbase.org

  5. EVmiRNA数据库:miRNA数据库

    网址:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA

  6. EMBL-EBI数据库:外泌体蛋白功能分析数据库

    网址:https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/ 

  7. exRNA图谱数据库:外显子RNA数据库 

    网址:http://exrna-atlas.org/

  8. EV-TRACK数据库:外泌体研究实验数据库

    网址:http://www.evtrack.org/

  9. Urinary Exosome Protein Database:尿液来源外泌体蛋白数据库

    网址:https://esbl.nhlbi.nih.gov/UrinaryExosomes/ 


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