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动物微生物组学数据库AMDB(Animal Microbiome Database)使用指南

数据库概览


动物微生物组学数据库(Animal Microbiome Database,AMDB:http://leb.snu.ac.kr/amdb)由韩国首尔大学研究团队于2022年1月发布在Nucleic Acids Res杂志,基于手动管理方式当前版本AMDB数据库整合34个研究项目的2530个样本测序数据,提供467种动物的10478个肠道微生物分布及群落结构信息,为基于肠道微生物角度探讨宿主健康与疾病诊疗相关研究提供极大便利。


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菜单栏Help界面展示数据库4大功能,提供各个功能模块使用指南,小伙伴们使用前可以快速浏览一下哈~!





数据库核心功能及操作演示


 1 

Taxa模块

Taxa模块提供各分类水平肠道微生物在不同物种来源样本中的富集情况。检索框输入感兴趣的菌群名称即可。

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以Alistipes为例,检索结果首先可见其所处的分类水平为Alistipes菌属。下方Host taxonomy Genus展示Alistipes菌属在不同宿主肠道中的富集情况,鼠标悬浮在柱子上展示具体数值。



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Host diet部分展示Alistipes菌属在不同食性(食草、食肉、杂食、食菌)动物肠道中的富集情况。


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Relative abundance in each sample部分表格展示不同物种来源样本中Alistipes菌属相对丰度值,表格右上角可下载数据。


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 2 

Samples模块

Samples模块提供感兴趣样本中不同分类水平肠道微生物富集情况。表格右上角检索框输入感兴趣的样本信息,以人类为例,点击ERS2856039查看详细信息。


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首先展示样本ERS2856039基本信息,如样本ID、项目ID、测序平台、样本类型等等信息。


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Alpha diversity indices部分是Alpha多样性指标,其中Observed Features表示物种丰度情况,数值越大表示物种丰度越高;Shannon Index是物种多样性指标,数值越低表示物种多样性越高。


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Composition部分为更详细的肠道微生物构成情况,以分类树可视化展示。左上角可以检索感兴趣的物种,提供个性化设置功能。右上角可下载数据。不同分类水平的物种丰度在下方表格展示。


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Amplicon sequence variant list部分是基于扩增子序列变异(ASV)进行物种分类,展示不同分类水平肠道微生物相对丰度情况。


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 3 

Projects模块

Projects模块提供34个研究项目详细信息。表格右上角检索框输入感兴趣的项目信息,以小鼠为例,结果展示3个小鼠肠道宏基因组测序项目,点击PRJNA540893查看详细信息。


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展示项目PRJNA540893所做工作的详细描述和参考文献,Alpha多样性指标的可视化结果,以及肠道微生物物种构成分类树和各样本信息。


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 4 

Hosts模块

Hosts模块提供467个动物物种肠道微生物组信息。表格右上角检索框输入感兴趣物种名称,以人类为例,点击Human查看详细信息。


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与Projects模块类似,展示Human物种信息,Alpha多样性可视化结果,及肠道微生物物种构成分类树和各样本信息。


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 5 

Visualization模块

Visualization模块提供肠道微生物组数据可视化功能,其中3个子模块,即Relationships between samples | PCoA plot,Host taxonomy | Network graph和Host diet types | Network graph。


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Relationships between samples | PCoA plot子模块提供加权和非加权两种方法分析样本间物种分布差异。Host taxonomy | Network graph子模块展示肠道微生物与宿主物种类别间的关系。Host diet types | Network graph展示肠道微生物与宿主物种食性之间的关系。


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 总结 

AMDB数据库提供467种动物的肠道微生物分布及群落结构信息,界面友好,动物物种丰富,为基于肠道微生物角度探讨宿主健康与疾病诊疗相关研究提供极大便利。


以上就是AMDB数据库全部内容,开发并维护数据库不易,小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~!


Yang J, Park J, Jung Y, Chun J. AMDB: a database of animal gut microbial communities with manually curated metadata. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D729-D735. doi: 10.1093/nar/gkab1009. PMID: 34747470; PMCID: PMC8728277.


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