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ADAtlas-老年痴呆网络分析数据库

不同的疾病具有不同的发病机制,基于高通量测序数据的疾病相关数据库,可以综合性的了解这个疾病的发病机制。因此在研究一个疾病的时候,通过这类疾病相关数据库,可以很容易寻找和这个疾病有关的研究指标。所以今天就来介绍一个阿尔茨海默有关的综合性网络数据库:ADatlas: https://adatlas.org/

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背景数据集介绍

ADatlas的数据主要来自于一些关于AD的大规模测序数据 (基因组、转录组、蛋白质组以及代谢组学)。基于这些公共的测序数据来进行单一组学内的分析,比如转录组内部基因的相关分析;多组学的之间的交叉分析,比如SNP和表达之间的eQTL分析  以及测序数据和临床参数之间的分析。

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在经过上述分析之后,作者最终以网络图的形式来呈现数据的结果。

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数据库使用

ADatlas主要是通过网络图的形式来呈现数据结果。通过点击Generate your own network来进行网络构建

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点击之后,主要是通过来选择想要分析的内容。最后点击Generate就可以呈现网络了。

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ADatlas可以选择分析的内容包括:1. 特征;2. 基因;3. 代谢物。

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在选择想要检索的内容之后,可以进行进一步的选择,比如我们选择meta traits。就可以看到,很多关于AD的临床特征。这里我们选择AD imaging biomarker

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最后选择要分析的基本是基因组方面还是基因方面的。

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选择完之后,点击生成就可以出现相关的网络图了。

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对于具体的网络图形,可以点击里面的不同Node之间的关系来展示具体的结果

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总的来说

以上就是关于ADatlas的主要使用过程了。如果是研究AD的话,可以利用这个数据库来分析一下自己想要研究的基因。


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