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UK BioBank(英国生物银行)数据库使用指南

UK BioBank(英国生物银行)是英国迄今以来规模最大的有关致病或预防疾病的基因和环境因子的信息资源库。


https://www.ukbiobank.ac.uk/ 


目的是探求一些特定基因、生活方式和健康状况之间的关系,提高对一些遗传类疾病致病基因的理解,包括癌症、心脏病、糖尿病和一些特定的精神疾病。


该项目已经在英国境内采集 40 至 69 岁人群中 50 万份志愿者的基因信息和血液样本、生活方式及环境暴露数据,并跟踪记录他们之后数十年的健康医疗档案信息。


研究期间,所有疾病、药品处方以及参加者死亡等都将被记录在库,以供英国国家医疗服务体系(NHS)利用并管理,成为了全球少数大规模的人体生物健康信息库之一。


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图片来源:截图



UK Biobank 数据库有哪些重要信息?


1、流调数据


(1)社会人口因素、吸烟和饮酒状况、家族史(常见癌症、心血管疾病等)和个体早期的一些暴露因素(出生体重、母乳喂养、母亲吸烟、儿童体型)等。


(2)环境因素。调查问卷考虑了大量潜在的环境暴露,选择被认为是常见疾病影响的指标,这些问题包括当前住址、出生时的居住地、职业和其他工作场所因素、被动吸烟暴露、室内空气污染和使用手机频率。


(3)饮食习惯。主要是包括食物频度问卷、24 小时饮食回忆和多天饮食回忆问卷。


(4)参与体育活动情况。主要是体力活动强度(剧烈、适度),体育活动频率,关于常见久坐活动的问题也被纳入。


(5)心理和认知状态。在心理状态方面,调查问卷的方法是在标准化问卷的基础上评估心理特质和情绪,并记录影响心理症状的严重事件及其医学表现。


2、体格检查


身体测量指标。当志愿者完成问卷后,接下来会进行一系列的身体测量过程,包括血压(和脉搏)、身高、体重、腰围、臀围、握力、肺活量、骨密度数据。


3、生物样本检测


主要收集的血液数据和尿液数据,用于进行基因组,蛋白质组,代谢组学的检测。


4、电子医疗记录数据


包括,死亡和癌症登记数据、入院诊断数据、全科医生数据、其他医疗(如处方、病理报告、影像报告、筛查)与健康有关的数据。


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UK Biobank 数据库 大样本、前瞻性、精细化的特点
(图片来源:UK Biobank 官网)



UK Biobank 申请流程


研究者在申请 UK Biobank 研究数据和生物样本前,需在 UK Biobank 官方网站注册一个 Access Management System(AMS)账号。


登陆 UK Biobank 官方网站(https://www.ukbiobank.ac.uk/),进入网站后选择「Research login」。


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图片来源:网页截图


点击进入 UK Biobank 的「Research login」,即可进入可转至 UK Biobank Access Management System 登录注册页面「AMS Login」。


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图片来源:网页截图


在 AMS Login 页面中,点击「Sign up to access UK Biobank resources」按钮,进入 Sign up 页面。


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图片来源:网页截图


在 Sign up 页面中必须填写姓名、E-mail 地址(应为研究者所在大学和研究机构的专用邮箱)、密码等信息。填写完成后勾选「I'm not a robot」,然后点击Sign up即可完成账号注册。


需要特别注意的是,因为国内服务器限制的原因,reCAPTCHA 验证通常加载不出来,这时候可以通过委托国外的朋友或使用一些插件来解决。


在 Registration 页面,根据要求继续完成个人有关信息的登记,包括完善个人科研背景并上传个人英文履历(CV)和完善研究者所在研究机构的相关信息。


在申请提交后,会出现提示页面,表示申请正在审核,正常情况下需 3~5 个工作日。



UK Biobank 研究资源检索


注册成功后,即可在 AMS Login 页面(图 2)中输入 Uesrname 和 Password 登陆。


「Showcase」一栏是对 UK Biobank 数据的展示,研究者可通过所需的数据字段对数据库进行检索。


研究人员可在Showcase页面,通过输入关键词、编码或查看分类目录等多种方式对相关数据和样本情况进行检索。


对于初次使用者来说,强烈建议阅读用户指南,点击「User Guide」即可打开用户指南。


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图片来源:网页截图



如何申请 UK biobank 的研究数据和生物样本?


在了解数据和样本的基本情况后,若要下载使用数据和样本,则需进行申请。


在 AMS 主页中,点击「Application」按钮,在弹出页面中点击「Start new application」,在「Newapplication」页面中,按要求逐项填写申请信息,包括研究的简要概述、研究方法、目标和预期产出、所需数据集的类型和大小、研究的关键词、研究项目的持续时间等内容。


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图片来源:网页截图


全部填写完成后点击「Submit form」即可提交申请。


在申请中要注意,研究者需明确是否仅申请研究数据还是需要申请生物样本或与参与者重新联系,后两者的申请需经过更严格的科学性或伦理性审查。


申请的数据或样本不是免费提供,费用取决于所批准的研究项目需要的数据和样本量的大小。


需要注意的是,在研究者提交申请后,UK Biobank 管理团队的审核委员会会分小组对每一份申请进行科学性审查,最终确定批准或拒绝申请。


文章转载自:科研论文时间

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