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蛋白与多组学相互作用分析数据库IncAct 使用指南

 IntAct: https://www.ebi.ac.uk/intact/home 更新了最新的版本。所以今天就介绍一下 IncAct 。

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背景数据集介绍

从相互作用分析的数据来源而言所有 IncAct 数据库当中的相互作用都来自于相关文献当中的数据。但是和 BioGRID 这类不同的是,上面介绍的两个相互作用数据库主要还是来分析蛋白之间的相互作用关系。而 IncAct 则纳入了其他组学和蛋白的相互作用分析,比如 miRNA, lnRNA等等。

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另外,一般的相互作用数据库只能分析同一物种内的相互作用关系。而在 IncAct 当中则可以对==物种之间==的相互作用关系进行分析。

除了对文章数据的基本分析之外,在 IncAct 当中还专门对这些相互作用的关系设定了一个评分 (MIscore),MIscore 是一个基于发表文章数量,检测方法以及相互作用关系三者来计算出来的一个评分。这个评分是从 0-1。其中得分越高代表相互作用的可能性越高

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数据库使用

IncAct 支持多种 ID 的输入,可以输入:基因名,物种 ID,复合物 ID,UniProt ID 等等等等。同时在 IncAct 当中,可以输入单个基因进行查询,也可以输入多个基因进行一次性查询。

但是,IncAct 的多基因查询主要还是查询各自基因和其他哪些有相互作用关系,而不是观察这些多基因方面的相互作用关系。

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例如,我们这里检索 YTHDF1 基因的相互作用关系。就可以直接在快速检索窗口输入即可。

不过需要注意的是 IncAct 在输入完之后,会显示输入的候选数据库 ID。如果我们不选择直接点击回车的话,查看的就是所有类似输入的结果。比如输入 PDCD1,那么如果有 PDCD11 这个基因的话,则也会出现这个基因的结果。因此最好还是输入完之后再选择一下。

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选择之后就可以看到相互作用的信息了。如果检索得到的相互作用少于 1500 条的话,可以直接展示一个相互作用网络。网络中对基本的相互作用的物种信息和相互作用关系进行了标注。

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再往下可以看到具体相互作用的内容,其中就包括相互作用的基因名,基因所在的物种,检测方法,相关文献以及可信度的 MIScroe 得分。同时还包括相互作用参考文献的具体位置 (真的是太细了。。。。)。

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其中,在Interaction AC当中可以储存了相互作用的详细方式。例如在 TP53-MDM2 的直接相互作用中连具体结合位置都标注出来了。

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另外,对于一些通过类似 CO-IP 这样检测出的蛋白的情况。有的算法是认为检测出来这些蛋白都是存在相互作用关系的。例如

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