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基于实验的 ncRNA 靶点查询,TarBase数据库

TarBase


TarBase(http://www.microrna.gr/tarbase)目前已经更新到 V8 版本了。对于一个更新版本这么多的数据库,说明整个团队还是对于这个研究方向很有经验的。另外也说明基本上也能保证数据库的及时更新的。


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对于这个数据库使用,还是很简单的我们只要数据自己想要查询的基因/miRNA即可。

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需要注意的是,这里我们需要输入的是一个成熟体的miRNA,例如:hsa-miR-34a-5p。关于miRNA的命名,网上有很多介绍的。百度一下就知道了。

言归正传,如果我们输入 miRNA 以及 Genes 就代表我们想看没有没这两个相关的实验。如果只输入一种一个,就代表检索和这个 miRNA 所有相关的研究。这里我们输入:hsa-miR-34a-5p 以及 E2F3,则可以看到检索的结果。结果显示,这两个存在相互作用的关系。


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我们点击其中一个的下拉简单就可以看到具体的结果信息了。首先看到的是每一个文献的具体实验方法、所用细胞系。再点击具体的下拉简单就可以看到具体的实验方法、实验结果信息。


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具体的使用方法就是这些。另外我们可以下载这个数据库所有的结果,不过要下载的话,需要申请,这个有需要的可以试着去申请一下。



miRTarBase



miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)也是一个基于实验基础的 miRNA 绑定基因查询数据库。不同于

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