THANATOS数据库（自噬调节相关蛋白及其翻译后修饰信息数据库）使用指南_数据库使用指南_实用技巧

▌数据库概览

THANATOS数据库（THe Autophagy, Necrosis, ApopTosis OrchestratorS，http://thanatos.biocuckoo.org/index.php#）收录细胞凋亡、自噬和程序性坏死调控相关蛋白及其翻译后修饰信息。

基于PubMed文献报道中4,237个实验鉴定的自噬和细胞死亡调控相关蛋白质信息，其中3,882个蛋白质来自于8个模式生物，即H. sapiens（Homo sapien, 人），M. musculus（mus musculus, 小鼠）, R. norvegicus（Rattus norvegicus, 大鼠）, D. rerio（Danio rerio, 斑马鱼）, S. cerevisiae（Saccharomyces cerevisiae, 酵母）, D. melanogaster（Drosophila melanogaster，果蝇）, C. elegans（Caenorhabditis elegans, 秀隐线虫）和A. thaliana（Arabidopsis thaliana, 拟南芥）。

同时在164个真核生物中进行直系同源比对，提供某个蛋白或信号通路在不同物种之间的保守性信息，集成并整合目标蛋白已经鉴定的蛋白翻译后修饰（PTM）信息，构建凋亡、自噬及坏死相关通路蛋白调控/相互作用网络。目前，THANATOS数据库包含191,543个独特的蛋白质条目，持续更新中。

点击LINKS，展示自噬、坏死和凋亡相关其他数据库链接。

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点击USER GUIDES，展示数据库检索、数据浏览功能使用指南。

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左侧菜单栏提供翻译后修饰（PTM）预测、Domain可视化、热图、自噬荧光定量分析软件等实用工具及各种蛋白及蛋白修饰信息数据库链接，感兴趣的小伙伴可以自行探索。

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▌数据库核心功能及操作演示

Browse模块

Browse模块有两大子模块，即按照自噬、凋亡和坏死类型查看数据和按照物种类型查看数据。

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按照自噬、凋亡和坏死类型，分别点击Autophagy、Apoptosis和Necrosis，展示数据库收录8个物种中，2501个自噬相关蛋白及翻译后修饰信息，2700个凋亡相关蛋白及翻译后修饰信息，575个坏死相关蛋白及翻译后修饰信息。

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说明，若Browse页面不勾选ONLY experimentally identified THANATOS proteins，上述各子模块蛋白信息更多，以自噬为例，有164个物种的120583个蛋白及翻译后修饰信息。

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以自噬子模块中人类为例，有1444个蛋白信息，其中1087个有实验支持，点击后查看详细信息，Ctrl+F页面检索MEK1，以ANA-HAS-111557为例。

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ANA-HAS-111557为该蛋白在THANATOS数据库中的ID，基因名为MAP2K1, MEK1或PRKMK1，是MAPK经典信号通路marker蛋白。点击侧边栏ID，展示MEK1基因不同ID、当前物种、蛋白功能介绍等信息。

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点击左侧边栏ANA Regulation，显示当前物种人类中MEK1对自噬、凋亡和坏死的调节情况，有3条信息：其中两条信息来自MEK1在其他物种中同源序列，为诱导自噬（AT+）和诱导凋亡（AP+）；另外一条信息为抑制凋亡（AP-），以参考文献[51,55]为例，点击查看参考文献。

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点击左侧栏PTM，展示基于EKPD数据库的MEK1翻译后修饰信息，列表提供修饰类型、位点、数据库及数据库ID和参考文献信息。MEK1蛋白修饰有phosphorylation（磷酸化），ubiquitination（泛素化）、acetylation（乙酰化）和sumoylation（类泛素化）等。

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再之后，Sequence部分展示MEK1蛋白氨基酸序列和基因序列信息。

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Drug Target部分展示靶向MEK1的化合物，链接至Drugbank数据库。

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接下来，点击左侧栏PPI，展示MEK1蛋白交互网络，鼠标选中某个节点，节点信息展示在图正下方。

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Function部分展示MERK1蛋白功能，为MAPK信号通路的关键组成，提供GO/KEGG富集条目。

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Orthologs为其他物种中MEK1同源基因，提供ANA ID，点击后直接进入信息页面查看详情。

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表格最底部提供参考文献。

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按照物种类型，分别点击Animals、Plants和Fungi，展示数据库收录的动物、植物和真菌中自噬、凋亡和坏死相关蛋白及翻译后修饰信息。以人类为例，数据库收录有823个诱导自噬、582个抑制自噬、884个诱导凋亡、857个抑制凋亡、148个诱导坏死和105个抑制坏死的蛋白信息，点击其某一项后，页面内容与前文类似。

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Search功能

快速Search功能，在数据库主页检索框输入THANATOS ID，或Enesembl ID和Uniprot ID，或物种、基因或蛋白名及功能等关键词，勾选或不勾选ONLY experimentally identified THANATOS proteins，点击Submit直接检索。以MEK1为例，有14条经过实验验证的结果，目标蛋白为ANA-HAS-111557。

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ADVANCED高级检索功能有三种，第一种检索框内容与上述快速检索界面类似，无非是多了一条检索框，用于组合关键词。

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第二种高级检索是批量检索，支持输入多个关键词，以示例Enesembl为例，Submit之后结果与前述类似。

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第三种高级检索是以蛋白FASTA格式进行匹配检索，可设置匹配阈值，以示例数据为例，Submit之后稍等待，结果以匹配程度降序排列，内容与前述类似。

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▌文献案例

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以上就是THANATOS数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Deng W, Ma L, Zhang Y, Zhou J, Wang Y, Liu Z, Xue Y. THANATOS: an integrative data resource of proteins and post-translational modifications in the regulation of autophagy. Autophagy. 2018;14(2):296-310. doi: 10.1080/15548627.2017.1402990. PMID: 29157087; PMCID: PMC5902229.

文章来源：挑圈联盟

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