今天就给大家介绍一个刚刚发表的RNA编辑方面的数据库吧。这个数据库就是：GPEdit : https://hanlab.uth.edu/GPEdit/ 

背景数据集

GPEdit 是一个在肿瘤的测序数据库当中分析  QTL 对于 基因编辑的影响的数据库。作者主要使用的是 TCGA，CCLE以及GDSC 三个大的测序方面的数据集。通过以上三个数据集，来分析 QTL 对 RNA 编辑的影响。

数据库使用

通过对以上数据的分析，最终得到了四个模块的功能：

• edQTL: 查询RNA编辑相关的SNP情况

• Survival-edQTL: RNA编辑相关的 SNP 对肿瘤生存的影响

• GWAS-edQTL: RNA编辑相关的 SNP 在GWAS数据库当中的基本情况

• Drug Response:  RNA编辑事件 和药物反应的关系

基本的使用方法也就是基于自己的目的来进行检索。所以这里我们以 edQTL 作为主要的例子来进行演示。

在 GPEdit 里面我们只需要选择我们想要检索的内容即可。在里面可以选择想要分析的癌种以及想要分析的位点。例如我们想要在所有肿瘤当中分析ADAR这个基本相关SNP的信息。

检索的结果主要是通过表格的形式来进行展示的。在这个里面，可以看到这个基因相关的 SNP 和 RNA 编辑的情况。同时可以点击Box plot来查看不同基因型之间对于 RNA 编辑的影响情况。

以上就是这个数据库的基本内容了。遗憾的是，这个数据库并不提供所有数据下载的功能。但是对于检索的内容倒是可以下载的哈。