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自噬调控综合信息数据库HAMdb

数据库概览


HAMdb数据库网址为(http://hamdb.scbdd.com/home/index/),整合来自HADb、autophagy database等数据库、文献报道中自噬相关796个蛋白信息及其对应的4类生物中899种疾病、4322条通路和23个外部链接(Gene ID、GI number、Uni Gene、PDB、disport、BioGrid、MINT、String、ChEMBL、DrugBank、Guide to Phar、Swisslipids、Biomuta、Ensembl protein、KEGG 、Pharm GKB、Biocyc、Reactome、Unipathway Gene wiki),来自MedChem Express、Selleck和APExBIO等数据、文献报道中自噬相关841个化合物分子及对应10种疾病、40种通路、21种理化性质和4个外部链接(CAS编号、PubChem CID、HMDB ID和DrugBank ID),来自PubMed和ncRDeathDB中132个自噬相关microRNA及其对应的5类生物和miRBase注释信息。


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据官网说明,HAMdb数据库有以下应用:


 1 

帮助理解自噬及其调节过


数据库提供每个自噬调节分子作用、经典途径及其上、下游调控信息。以凋亡调节因子Bcl-2为例,HAMdb数据库检索结果提示,增加Bcl-2活性降低细胞/乳腺癌细胞系自噬,其中涉及PI3K/AKT/mTOR、STAT3和TGF-β等信号通路,其上游为CYCS、CASP3、BAX,下游为TNF、β-雌二醇、姜黄素、TP53。



 2 

提供自噬相关疾病信息


数据库提供疾病与蛋白、化学物质或microRNA调节关系,有助于进一步研究详细机制。比如mTOR与转移性乳腺癌、非鳞状非小细胞肺癌、上皮性卵巢癌、乳腺癌等疾病显著相关报道较多,基于此认为mTOR抑制剂在癌症治疗领域发挥重要作用,目前为止已经有mTOR抑制剂西罗莫司、替西罗莫司和依维莫司用于肾癌治疗。



 3 

提示新的自噬调节分子及潜在新药


基于自噬相关疾病、靶点及其上游/下游调控信息,为预测一系列新的调节基因及合成相关化合物如特定的自噬激活剂或抑制剂提供便利。以HAMdb数据库中VEGFA自噬相关信息为例,其上游有KIT、MET、NGFR、PDGFRA、PDGFRB和TEK等,目前有两个靶向KIT和PDGFR的药物被开发出来,伊马替尼被用于胃肠道间质瘤治疗,索拉非尼被用于肾癌和肝癌治疗。



 4 

帮助确定新的诊治疗靶标


数据库整合疾病信息及疾病与蛋白、化学物质和miRNA相关性信息,有希望提出一些有前景的诊断和治疗靶点。以Bcl-2为例,其上游和下游分子均有作为新的治疗靶点的潜在价值,或单独或组合起来为临床诊断提供依据。



 5 

推进病理生理学领域自噬研究


HAMdb数据库包含疾病、通路和自噬相关调节分子的全面信息,使研究人员更多地了解自噬在不同疾病中的作用,为药理学和病理生理学领域的自噬研究提供极大便利。




数据库核心功能及操作演示


 1 

Browse功能


Browse功能分为两个模块,即Cell lines indexing和Name indexing。前者用于浏览特定细胞系自噬相关信息,后者支持以首字母进行检索浏览。


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Cell lines indexing部分包含15个细胞系,以Fibroblast cell lines为例,表格展示96条相关记录,包括化合物(C)、蛋白质(P)和RNA(R)。以miR-216b和UBR4为例,点击查看详细信息。


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首先,提供miR-216b基本信息,别称、Gene ID、种属和miRBase ID等信息。


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接下来的结果中有1条文献信息,提示miR-216b直接靶向Beclin1的3' UTR抑制其表达进而介导成纤维细胞自噬,暂无突变、生物标志物应用、相关药物和表达等信息。


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同样可以看到UBR4基因基本信息,为E3泛素蛋白连接酶,提供蛋白结构示意图。


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结果有3篇文献支持,提示抑制UBR4活性促进自噬。


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接下来Biological Behaviors部分提供更多信息,如靶向UBR4的miRNA及其结合位点序列,下游效应分子为AR,上游因变量为PPRC1、carbonyl cyanide m-chlorophenyl hydrazone和GnRH analog,直接结合的蛋白有UBC; KCMF1; VCP; RAD23A; RAD23B; UBE3A; HUWE1; UBE2B; UBE2A; CHAF1A; POU5F1; GORASP1; COPA; USF1; MTNR1B等,上述信息以交互网络展示。功能为调节自噬和凋亡,暂无通路、疾病信息。


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External Links部分提供外部数据库链接,包括基因、蛋白、药物、通路、病理生理和疾病等数据库,感兴趣可点击查看。


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最后提供参考文献。


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Name indexing部分以首字母进行数据浏览,以B为例,首字母为B的自噬相关调节信息有64条,以BCL2为例,点击查看详细信息。


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首先,BCL2基因基本信息,内容同前。


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BCL2调节自噬相关研究文献有7篇,作为明星分子,调节的下游分子或通路,被靶向的miRNA,及被调节的上游分子,均展示如下。BCL2功能为调节细胞自噬、凋亡、增殖和膜转运等,相关疾病有368种。


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 2 

Search功能


Search模块支持单独检索化合物、蛋白或miRNA,或综合检索,以AKT为例,检索结果中提供的信息基本同前。


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再以氯喹(Chloroquine/diphosphate)为例。


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结果中Identification部分展示氯喹的基本信息,包括化学名称、Accession ID、IUPAC名称、分子式和结构式及其模式图。


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Physicochemical Properties部分提供氯喹的理化性质和药代动力学信息。


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接下来是氯喹的生物学功能,与自噬调节关系暂无,靶向的基因为Toll-like Receptor家族,提供体内外用量参考。


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检索界面同样支持模糊检索。


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 3 

Download


Download模块提供化合物、蛋白、自噬、疾病和miRNA等数据下载,感兴趣小伙伴可自行探索。


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文献案例


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以上就是HAMdb数据库的全部内容,开发并维护数据库不易,小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~!


Wang NN, Dong J, Zhang L, Ouyang D, Cheng Y, Chen AF, Lu AP, Cao DS. HAMdb: a database of human autophagy modulators with specific pathway and disease information. J Cheminform. 2018 Jul 31;10(1):34. doi: 10.1186/s13321-018-0289-4. PMID: 30066211; PMCID: PMC6068059.

文章来源:挑圈联盟


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