科研星球

2021RBP相关数据库整理

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EuRBPDB
http://eurbpdb.syshospital.org/index.php

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EuRBPDB汇总了163个真核生物的RBP,并进行分类整理,为每个RBP提供详细的注释,包括基本信息和功能注释。而且,EuRBPDB基于已发表的文献,PPI网络和大规模组学数据系统地研究了癌症生物学背景下的RBP,提供了基于TCGA等癌症大数据的RBP表达与突变图谱。为了促进对RBPs临床相关性的探索,我们还设计了一个癌症Web界面来系统地和交互地显示RBPs在各种类型的癌症中的生物学特征。EuRBPDB具有易于使用的Web界面,具有浏览和搜索功能以及数据下载功能,提供在线判断蛋白是否为RBP的工具。



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RBPDB
http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/



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RBPDB数据库是RNA结合实验的数据库,包括人、小鼠、蝇和蠕虫4类物种,总共包含272个RBPs的结合数据,包括71个具有位置权重矩阵格式的基序的结合数据,以及36组免疫沉淀实验获得的体内结合转录本序列。



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catRAPID
http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

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catRAPID,一个专门用来计算蛋白和RNA结合特性的工具,该工具通过整合secondary structure, hydrogen bonding , van der Waals contributions来预测蛋白和RNA的结合可能性。该网站主要有“catRAPID fragments”、“catRAPID strength”、“catRAPID omics”、“catRAPID express”、“catRAPID signature”、“catRAPID interactions with large RNAs”,一共6个不同的分析模块。


其中,catRAPID omics用于预测某一RNA(或蛋白)的结合蛋白(或RNA),可预测出大量候选,这一模块对科研工作者很实用,其他模块用于进一步分析和评估某一特定RNA与某一特定蛋白的相互结合关系,包括结合位点、相互作用倾向等等。



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RBP-Var2
http://www.rbp-var.biols.ac.cn/

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RBP-Var2 提供了一个易于使用的网络界面,允许用户快速找到感兴趣的单核苷酸变异是否可以转化 RNA 的二级结构,并识别其结合可能随后被破坏的 RBP。RBP-Var2 整合了 DNA 和 RNA 生物学,以了解各种遗传变异和转录后机制如何协同协调基因表达。总之,RBP-Var2 可用于选择候选单核苷酸变异以进行进一步的功能研究和探索人类疾病的因果。



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RBPTD
http://www.rbptd.com/#/

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RBPTD是人类癌症相关 RNA 结合蛋白的数据库。该数据库通过整合 28 种癌症中的不同类型的数据,包括基因表达谱、预后数据和 DNA 拷贝数变异 (CNV),来识别人类与癌症相关的 RBP,并系统地探索其功能和异常。该数据库总共包含454 个显着差异表达的 RBP,1970 个具有显着预后价值的 RBP,和 53 个失调的 RBP 与 CNV 异常相关。通过分析交联免疫沉淀获得的高通量 RNA 测序数据,探索了 26 个与癌症相关的 RBP 的功能,并通过计算它们与其他基因的相关系数来预测剩余的 RBP 功能。



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CircInteractome
https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/


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CircInteractome可用于在人类 circRNA 上绘制 RBP 和 miRNA 结合位点。

CircInteractome 可搜索公共 circRNA、miRNA、和 RBP 数据库提供 circRNA 上结合位点的生物信息学分析,并额外分析连接和连接侧翼序列上的 miRNA 和 RBP 位点。

CircInteractome 还允许用户 (1识别可充当 RBP 海绵的潜在 circRNA,(2设计用于特异性检测感兴趣的 circRNA 的跨接引物,(3设计用于 circRNA 沉默的 siRNA,以及 (4)确定潜在的内部核糖体进入位点 (IRES)。


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ATtRACT
https://attract.cnic.es/


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ATtRACT 是RNA结合蛋白和相关基序的数据库。该数据库整合了370个RBP和1583个 RBP 共识绑定基序的信息,其中 192 个不存在于任何其他数据库中。为了充实 ATtRACT数据库,研发人员  (i从 CISBP-RNA、SpliceAid-F、RBDBB 数据库中提取并手工整理经过实验验证的数据,(ii整合和更新不可用的 ASD 数据库和 (iii通过计算分析从蛋白质数据库数据库中存在的蛋白质-RNA 复合物中提取信息。ATtRACT 还提供了有效的算法来搜索特定的基序并一次扫描一个或多个 RNA 序列。



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RBP2GO
https://RBP2GO.DKFZ.de

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RBP2GO数据库包含来自53项研究的13个物种的 RBP 的所有当前可用的蛋白质组范围数据集,其中包括 105 个数据集,共识别了 22552 个 RBP 候选者。这些与 RBP 相互作用伙伴和相关生物过程、分子功能和细胞区室的信息相结合。RBP2GO 提供了一个用户友好的网络界面,带有 RBP 评分系统和强大的高级搜索工具,允许正向和反向搜索连接功能和 RBP,以激发新的研究方向。



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CLIPdb
http://clipdb.ncrnalab.org

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CLIPdb数据库基于来自四种生物(人类、小鼠、蠕虫和酵母)的 111 个 RBP 的 395 个公开可用的 CLIP-seq 数据集来描述 RBP-RNA 相互作用。它应用统一的计算方法来识别转录组范围内的结合位点,使结合位点直接可比,并且数据可用于不同 CLIP-seq 研究的整合。可以使用浏览器在全基因组范围内可视化 RBP 的高分辨率结合位点。此外,用户可以通过查询感兴趣的基因(包括蛋白质编码基因和非编码 RNA)来浏览和下载所有已分析 RBP 的已识别结合位点。



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doRiNA
https://dorina.mdc-berlin.de/


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doRiNA数据库系统地整理、存储和整合了RBP 和 miRNA 的结合位点数据。用户可以自由地以目标 (mRNA) 或调节器 (RBP 和/或 miRNA) 为中心查看数据。该数据库为复杂的搜索实现了一个具有较短查询响应时间的数据库框架,所有搜索结果都可以结合大量其他全基因组数据进行浏览、检查和分析。



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POSTAR3 
http://postar.ncrnalab.org/

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POSTAR是一种由 RNA 结合蛋白协调的转录后调控的数据库。它提供了人类和小鼠转录组中最大的实验(约 2300 万个)和预测(约 1.17 亿个)RBP 结合位点集合。POSTAR 使用有关各种分子调控事件(例如剪接、编辑和修饰)、RNA 二级结构、疾病相关变异以及基因表达和功能的广泛信息来注释每个转录本及其 RBP 结合位点。此外,POSTAR 提供了一个友好的、多模式的、集成的搜索界面,它帮助用户将多个 RBP 结合位点与转录后调控事件、表型和疾病联系起来.


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