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肿瘤相关甲基化预后分析数据库SurvivalMeth详细使用指南

数据库概览


SurvivalMeth数据库网址为(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/survivalmeth/)。广泛研究表明,DNA甲基化相关功能元件(DMFE),如CpG岛相关元件(CIR)、转录相关元件(TR)、重复元件(RE)及细胞类型特异性CTCF结合区(CTCFBR)和超级增强子(SE)等,可作为肿瘤患者生存预后的潜在标志物。SurvivalMeth数据库收集来自TCGA、CCLE和GEO等数据库中36个肿瘤的13371个样本中81个DNA甲基化图谱数据,涵盖19000个编码基因、1689653个超级增强子、1304902个CTCFBR和77634个重复元件,总计超过480000个DNA甲基化位点信息,构建比例风险回归模型,提供感兴趣基因及甲基化相关功能元件的预后分析功能,用户可以进行自定基因或甲基化功能元件组合,借助SurvivalMeth数据库完成预后相关DMFEs的全面分析,包括DMFE甲基化水平、相关分析、临床分析、差异分析、DMFE注释及生存分析与可视化等。


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菜单栏Help部分提供SurvivalMeth数据库核心功能(Single Case、Multiple Case、Enhancer Case和User-Defined)的操作使用指南,及数据库分析结果的解读指南。


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数据库核心功能及操作演示


 1 

Pre-Upload


Pre-Upload下拉菜单提供三个子模块功能,即Single Case、Multiple Case和Enhancer Case,分别用于单基因DMFE、多基因DMFE及组合和增强子相关预后分析。


1)Single Case


Pre-Upload下拉菜单选择Single Case进入功能界面,依次选择感兴趣的疾病、实验平台、输入感兴趣基因,然后选择感兴趣的DMFE信息,默认无限制,再勾选拟分析的临床信息,选择差异分析的统计学参数,若无正常样本需取消差异分析。以示例中illumina 450K实验平台的乳腺癌数据集中APC基因为例,DMFE默认无限制,临床信息关注年龄、HER2组织表达和组织类型,其他参数默认,点击Analyse获得分析结果。


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结果Methylation Status部分,The Significant Result of Differential Analysis表格展示乳腺癌中APC基因甲基化水平差异分析结果,显著性差异的甲基化探针有21个,提供其对应的肿瘤样本表达值、正常样本表达值及表达值差值、变化倍数和P值。


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下方图形The Methylation Level of Different Probes为上述APC基因对应的21个甲基化探针表达值箱图,图形The Correlation among Different Probes为上述21个甲基化探针表达值相关性热图。


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随后点击感兴趣的临床信息,以her2_status_by_ihc为例,结果显示以HER2组织表达情况为依据分组的21个甲基化探针表达值箱图。


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最后的表格The Unsignificant Result of Differential Analysis展示在肿瘤和正常样本组织中无显著差异的8个甲基化探针信息。


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结果Cox Regression Analysis部分,表格展示包括上述显著差异的21个甲基化探针和之前勾选的临床信息在内的多因素Cox回归分析结果,提供HR值、95%置信区间、P值和回归模型的summary结果。


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结果Kaplan–Meier Plot部分为生存曲线信息,基于风险评分获得最佳cutoff值进行Kaplan-Meier生存分析探讨患者预后情况,结果显示包含APC基因相关21个甲基化探针表达情况、患者年龄、HER2表达和组织类型在内的风险比例模型对乳腺癌患者临床预后具有显著的预测价值。


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随后的表格展示Kaplan–Meier生存曲线纳入的781个临床样本信息。


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The Distribution of Prognostic Index Sorted by Prognostic Index图为预后指数分布图,提供cutoff值。


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再然后分别是高、低风险患者组CpG表达值柱状图、热图和差异性分析结果。


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结果Annotation Information部分为上述21个甲基化探针注释信息,提供Gene symbol和基因组位置及区域信息。


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2)Multiple Case


Pre-Upload下拉菜单选择Multiple Case进入功能界面,设置与Single Case类似,支持输入多个Gene Symbol、Transcript ID及Genomic Interval,以示例基于illumina 450K实验平台的乳腺癌数据集中cg06778853、cg24670442、cg18456782和cg26263675探针为例,其他参数默认且同前,点击Analyse获得分析结果。


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结果显示有3个甲基化探针表达值存在显著性差异,其他部分内容与前述类似。


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3)Enhancer Case


Pre-Upload下拉菜单选择Enhancer Case进入功能界面,设置与前述类似,以示例基于illumina 450K实验平台的乳腺癌数据集中APC基因为例,其他参数默认,点击Analyse获得分析结果。


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获得12条结果,以第一条为例,点击Chr Location列蓝色字体链接至SEdb数据库查看增强子详细信息,点击Survival Analysis列Click Here查看生存分析结果,内容与前述类似。


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 2 

User-Defined


User-Defined模块支持输入或上传制表符分隔的包含甲基化探针名、时间及患者生存状态和表达值的矩阵文件,进行表达差异分析、相关性分析和生存分析,数据格式如下。


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以示例文件为例,点击Analyse后,表格展示探针注释信息,分组策略默认,DMFE全选,点击Analyse获得分析结果,内容基本与前述类似。


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文献案例


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以上就是SurvivalMeth数据库的全部内容,开发并维护数据库不易,小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献!


Zhang C, Zhao N, Zhang X, Xiao J, Li J, Lv D, Zhou W, Li Y, Xu J, Li X. SurvivalMeth: a web server to investigate the effect of DNA methylation-related functional elements on prognosis. Brief Bioinform. 2021 May 20;22(3):bbaa162. doi: 10.1093/bib/bbaa162. PMID: 32778890.



文章来源:挑圈联盟

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