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综合性 CRISPR 查询的数据库:BioGRID

今天就给大家介绍一个综合性 CRISPR 查询的数据库:BioGRID ORCS: https://orcs.thebiogrid.org/

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基因组CRISPR

关于基因组的 CRISPR 的基本原理:可以查看这个视频:CRISPR screening - Explain Everything Drive: https://drive.explaineverything.com/thecode/WBLAHKC 。在这个视频当中,作者对这个整个 CRISPR 筛选流程进行了详细的介绍。十分的通俗易懂。强烈推荐。

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背景数据集

在最新的 BioGRID ORCS 当中,作者收录了四个物种的 215 篇文章当中的基因组 CRISPR 筛选的数据。经过对这 215 文献的数据分析汇总。最终得到了这个 BioGRID ORCS 这个数据库

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数据库使用

数据库的使用的话,就直接在检索窗口输入我们想要检索的内容即可。这里可以输入基本,药物等等。

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例如我们想要检索 TP53 有关的基因组 CRISPR数据。

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结果主要是通过表格的形式呈现的。在表格当中,显示了具体的研究者,使用的细胞系,主要的研究内容以及目标基因在具体研究当中的排序。

0 (8).png另外如果不清楚这个基因具体的影响的话,可以在后面的✨ 看到具体的影响。

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总的来说

以上就是这个数据库的基本用法了。关于基因组 CRISPR 而言,可以高通量的方式了解哪些基因是某一个表型(比如细胞增值)的重要基因。另外,对于 BioGRID ORCS 而言,数据库也提供了数据下载的功能。我们也可以下载相关的数据来进行 DIY。

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最后,关于 BioGRID,这个是一个用来预测蛋白相互作用的数据库。所以和BioGRID ORCS属于机构的。

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