最详细 NCBI数据库基础使用教程

2021-09-14 分类：数据库使用指南阅读(6689) 收藏

NCBI作为大名鼎鼎的科研信息数据库，想来大家都耳熟能详，其功能更是强大到无微不至，因而，对该数据库的合理使用无疑会让科研汪们在科研路上如虎添翼。在此，小编就用一文带你走进NCBI数据库。本篇文章分为两个部分，第一部分：入门，初识NCBI数据库；第二部分：技能，了解NCBI常见的4种使用方法。一起来看看吧！

PART 1 初识 NCBI

官方网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI 开发有 Genbank 等公共数据库，提供 BLAST 、Entrez 、OMIM 、 Taxonomy 等工具，可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析，并开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。

NCBI 还支持与推广多种医学及科技方面的数据库，如：三维蛋白质结构的分子模型数据库（ MMDB）、孟德尔人类遗传（ OMIM ）等。

进入官方网址，可看到如下界面：

接下来，小编简单介绍一下NCBI包含的部分数据库，从而方便大家在构思研究思路时，能使用得当的数据库进行查找相关数据。总体来说，可以分为六大类，如下图所示：

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具体介绍如下

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PART 2 NCBI 常见的4种使用方法

一

查找基因序列、mRNA序列

进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。

以基因P53为例，搜索结果如图：

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点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：

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二

上传数据到NCBI

NCBI对可提交的数据类型有详细列表，不同类型的数据分别提交到不同的数据库。

具体可查看：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/

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由于测序平台应用在不同类型的项目上会有不同分析结果，所以分析数据的提交要根据测序项目类型来定。

1. 建立一个属于自己的NCBI登录账户，用以提交数据。

打开下方链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

点击图中标注的“Register for a NCBI account”，进入到注册页面，如实填写信息；

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如何创建My NCBI账户，也可详细见：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3842/#MyNCBI.Registering_with_My_NCBI

2. 为提交的数据申请BioProject和BioSample号。

一个BioProject代表一项测序研究项目，它可包含多次实验（experiments）:

Step1：打开https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ ，点击“BioProject”进入新建页面；

Step2：点击“New submission”，进行提交；

Step3：根据研究项目实际情况，填写一系列信息，每填写完一个步骤，都要点击页面下方的continue，保存已填写的信息。点击“submit”即可；

3. 在NCBI网站上登录自己的账户，进入数据提交的Submit界面后，点击相应的数据库进行数据的提交。（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ ）

三

如何用NCBI批量下载基因序列

1. 登入NCBI主界面，在下拉菜单里选择nucleotide，将基因的Accession number都排列在一起，用空格隔开，不要有回车符；

例如：NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295：

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填好后Search，然后会出现这样一个界面：

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2. 点击上面的summary下拉标记，在Format选项中选择FASTA；

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点击Apply，就会出现下一个界面：

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3. 点击右上角的Send下拉标记，选中CompleteRecord和File，然后在下面Format中选择FASTA，Sort by不变（默认），最后点击Create File保存数据即可；

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四

如何用NCBI下载物种的全基因组序列

1. 打开NCBI，在下拉栏里选择Genome，之后输入下载物种的拉丁名；

以拟南芥Arabidopsis thaliana为例：

搜索结果如下图所示：

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2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面：

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一般来说，选择level这一列中测序水平最高的一组就是黑色部分占据面积最多的。

3. 点击Assenbly这一列中的基因组编号，可进入全基因组下载界面；

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4. 点击该界面的右侧，即可进行全基因组的下载；

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参考资料

https://wenku.baidu.com/view/f86d817165ce0508763213df.html
https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html
https://mp.weixin.qq.com/s/7EPj0lJGz2gesnLK_k_oGg

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