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年龄有关基因表达数据库:ADEIP使用指南

我们人体的基因表达情况是会随着年龄的变化发生变化的。通过了解正常人当中那些基因随着年龄会发生变化,对于研究和年龄有关的疾病也有种重要的作用。今天就来介绍一个年龄有关基因表达数据库:ADEIP (http://gb.whu.edu.cn/ADEIP/)

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背景数据集介绍

由于是观察正常人的年龄变化的相关基因。所以在 ADEIP 当中,作者主要使用了 GTEx 这个正常人组织的数据库。关于 GTEx 是什么,我们在之前的介绍的时候这么写过。

![[TCGA、ICGC、GTEx-数据库都是啥?#GTEx]]

通过 GTEx 数据当中正常人组织的表达数据。作者基于捐赠者的年龄分成了20–29, 30–39, 40–49, 50–59, 60–69 和 70–79 几组。然后对不同组之间进行了差异表达分析。

对于差异基因的除了基本的注释,作者还基于多个免疫相关的数据库(ImmPort(https://www.immport.org/), InnateDB (https://www.innatedb.ca/), HisgAtlas(http://biokb.ncpsb.org/HisgAtlas/) and Gene Ontology (GO:0002376, http://geneontology.org/)) 来分析哪些基因是免疫相关的基因。

最后为了分析免疫细胞对不同年龄段的影响。作者还使用了 CIBERSORT 来评价了各个样本的免疫细胞得分。进一步来分析这些免疫细胞在不同的年龄段有没有区别。

关于免疫细胞算法之间的区别,可以查看:[[免疫算法原理]]

数据库使用

储存类数据库的话。一般来说也就是包括三个功能:

  1. 浏览功能:浏览数据库当中的所有数据。

  2. 检索功能:基于自己的目的来检索数据

  3. 下载功能(有的数据库有):下载分析的所有数据库

这里就简单的介绍一下检索功能

差异基因检索

在数据库检索方面,我们可以用来分析不同组织在具体哪个年龄段的差异基因有哪些。

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在选择好自己想要分析的分组之后,点击 Search 即可得到具体的分析结果。结果是以表格的形式存在的。在结果当中,可以通过点击 TPM 观察这个基因的在不同的年龄段的表达情况。同时也可以通过点击 GESA 来观察差异分析之后具体富集的功能。

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除了基本的差异表达分析,同时也可以检索不同年龄段的的免疫细胞是否有差异。

年龄相关免疫细胞分析

另外除了分析的基因差异表达基因,同时还可以分析免疫细胞在不同的年龄段的差异。另外也可以分析这些免疫细胞和哪些基因是有关系的。

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总的来说

以上就是这个数据库的基本功能了。另外,这个数据库可以下载所有分析的数据。如果有需要的话,可以下载这个数据库当中的所有分析的数据。

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