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十大肿瘤生信常用数据库

1、TCGA

官网地址:  https://portal.gdc.cancer.gov/
小编认为虽然下载数据TCGA官网肯定不如CGDSR或者XENA,但是呢,它的信息最全,有很多稀奇古怪的临床指标都得从这下载。

除此之外,一些整体的样本情况,实验和对照信息,临床统计数据,也都一目了然。

2、GEPIA  
官网地址:  http://gepia2.cancer-pku.cn/#index
现在工具版本升级到2了,这个支持TCGA所有的样本基因的差异分析,预后分析。

GEPIA2还支持TCGA和GTEx联合分析,这对于提升差异的准确性相当友好。如果你的课题涉及到了TCGA数据基因的表达和预后,可以选择这个工具,事半功倍哦。

3、cbioportal  
官网地址:  https://www.cbioportal.org/
下载TCGA的突变数据firebrowse或者xena效果更好,但是对突变数据整体评估,单个基因突变预后分析,这个工具更优秀。

还支持自定义基因队列情况,所做的图也都提供下载。

4、UALCAN 
官网地址:  http://ualcan.path.uab.edu/ 
这个数据库可以对TCGA数据的RNA-seq进行深入研究,主要是miRNA,还可以预测药物靶点,因为整合了drugbank数据库,可以认为是一个GEPIA的补充。

同时,其相关的癌型都有亚型可以选择,miRNA可以直接绘制km曲线,十分方便。

5、Ln2Cancer 
官网地址:  http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/ 
上一个说完了miRNA,这个说下专门的lncRNA研究工具。同样还有TANRIC 也不错。

6、TCIA   
官网地址:  http://www.cancerimagingarchive.net/
The Cancer Imaging Archive (TCIA)TCIA存储了TCGA病人的影像学资料,如MRI,CT等,以DICOM文件格式存储,还提供与患者结果,治疗细节,基因组学,病理学和专家分析等图像相关的信息。

7. TCPA(The Cancer Proteome Atlas)   
官网地址:  https://www.tcpaportal.org/
由MD Anderson Cancer Center开发的用于TCGA蛋白质组学数据下载,挖掘可视化的网站。

8、FASMIC 
官网地址:  https://bioinformatics.mdanderson.org/main/FASMIC 
FASMIC数据库,由MD Anderson Cancer Center开发的用于分析突变数据的网络平台。

9、Cancer Regulome Datasets 
官网地址:  http://explorer.cancerregulome.org/
由Center for Systems Analysis of the Cancer Regulome开发的基于Web的交互式工具,用于可视化和探索临床和分子TCGA数据之间的关联。

10、Tumor map  
官网地址:  https://tumormap.ucsc.edu/
一个通过各种手段整合在一起的聚类的可视化交互工具,帮助不懂分析的人进行测序数据的格式化操作。
Tumor Map is an interactive browser that allows biologists, who may not have computational expertise, to richly explore the results of high-throughput cancer genomics experiments on thousands of patient samples.

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