今天给大家分享一个评价SNP对于 APA 事件影响的数据库-SNP2APA，下面我们一起了解一下这个数据库收录了哪些信息以及数据库的具体操作方法吧。
SNP2APA数据库连接：http://gong_lab.hzau.edu.cn/SNP2APA/
选择性多聚腺苷酸化（Alternative Polyadenylation，APA）是真核生物中普遍存在的一种重要的转录后调控机制，研究表明APA能够调控mRNA的稳定性、细胞内定位和蛋白翻译效率。最近的研究表明，一些单核苷酸多态性(SNPs)可能通过失调APA而参与肿瘤的发生和发展。
华中农业大学龚静教授研究团队开发了一个在32种癌症类型探究SNP对APA事件影响的分析方法-apaQTL，并构建SNP2APA数据库用于浏览、搜索和下载apaQTL数据。
SNP2APA共纳入了32种癌症类型的9082例肿瘤样本，其中基因型数据和APA数据均可用于apaQTL分析。其中肿瘤样本的基因型数据来自于TCGA数据库，APA数据下载于TC3A数据库。并且从TCGA数据库下载了患者生存时间等临床数据。
SNP2APA数据库提供四种数据集:根据基因调控方式定义的顺式apaQTL（cis-apaQTLs），反式apaQTL（ trans-apaQTLs）, 不同apaQTL分型的生存分析（survival apaQTLs），和落在GWAS区域的tag SNP及其连锁不平衡LD区域中的apaQTL（GWAS-apaQTLs）。
（1）基本检索与浏览
输入感兴趣的SNP、基因或APA事件，就可以得到相应的结果，并以包含cisapaQTLs、trans-apaQTLs、survival apaQTLs和GWAS-apaQTLs信息的四个动态表的形式呈现出来。
例如我们输入”TP53″这个基因名，可以得到包含apaQTL的SNP ID、SNP基因组位置、SNP等位基因、APA事件、APA基因符号、APA位置、beta值、r值和p值信息的表格。
注：beta值表示SNP对PDUI值的影响大小–远端PolyA位点使用比(PDUI)是评价APA事件发生比例的参数，PDUI的数值范围是0-1，如果PDUI接近于1则代表这个基因更多的存在长的3’UTR；如果PDUI接近于0则代表这个基因更多的存在短的3’UTR。
（2）生存曲线分析
由于SNP2APA数据库下载了 TCGA 的生存临床数据，所以可以进行生存相关的分析，数据库会根据不同的 SNP 来绘制生存曲线，这样就可以得到不同的SNP分型之间的生存差异了。
例如我们选择所有癌症类型，输入”rs78160478″这个SNP ID，我们发现rs78160478与BLCA患者和PCPG患者的总体生存时间高度相关（KM Pvalue<0.05)，表明该SNP可能在调节BLCA和BLCA两种癌症类型的APA事件中发挥重要作用。
（3）在线工具预测功能性apaQTL
在APA事件的调节过程中，多聚腺苷酸信号（PAS）是最重要的调节元件。SNP2APA数据库提供了在线工具以预测SNP对PAS的影响，只要“PAS Predict”页面提交野生型序列和相应的突变序列即可进行预测。
（4）数据下载
在SNP2APA中，每种癌症类型的四个主要数据集可以从“Download”页面免费获得。在“Help”页面提供了有关数据库、数据库建设流程、结果摘要和联系方式的基本信息。
