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疾病中m6A修饰的综合数据库:M6ADD数据库使用指南

4月27日,哈尔滨工业大学生命科学与技术学院的张岩教授在 RNA Biology(IF = 5.351)杂志上发表了疾病中m6A修饰的综合数据库——M6ADD数据库。该数据库从2000多篇已发表论文中发现、过滤筛选出了涉及59种疾病,包含有222个经实验证实的m6A疾病关联。另外,运用计算和统计方法还从30个高通量测序数据集中获得了409229个m6A疾病关联。


该数据库的网址为http://m6add.edbc.org/


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下面本工给大家介绍一下M6ADD数据库的功能和使用


进入主页后,网页如下所示,主要包括 “Browse”、 “Search”、 “Download”、 “m6A-Net”和“m6A-Regulator”5个功能模块。下面本工一一为大家介绍下。


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1

Browse模块


在这个模块,M6ADD有两个主选项,“Experiment”为网站作者人工收集的数据,“Sequencing”为网站作者利用测序数据集计算和统计所获得的数据。点击“+”按钮即可弹出下面的内容。


“Experiment”部分有“gene”、“disease”和“protein”3个部分,点击后跳出的内容分别为所研究有m6A修饰的基因、研究的疾病和m6A的WER蛋白(即Writer、Eraser和Reader三种m6A调节蛋白)。“Regulatory”这列所展示的内容为m6A修饰对该基因的影响和作用,“Differential expressionTCGA”这列表示该gene在TCGA中是否有差异表达。


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点击蓝色的“detail”后,可跳转到如下页面,展示的内容除了上面表格中的外,还有研究方法、物种、器官,以及该研究论文PMID、tittle和论文中对这一结果的描述。


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在“Sequencing”部分,展示的结果如下所示,大家点击左上方的按钮可以下载结果,点击右边蓝色的“UCSC”则会跳转到UCSC Genome Browser界面展示相关数据情况。


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2

Search模块


在这个模块,网站为我们提供两种搜索方向。


一种是搜索实验验证的data。大家只需勾选或输入物种、器官、疾病、WER蛋白和基因信息,即可搜索,不填则表示该选项为任意。



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另一种则是搜索高通量数据结果。RADAR和MetDiff是MeRIP-seq数据的两种不同的差异分析方法。Integration则是对两种方法的结果取交集。

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3

Download模块


M6ADD允许用户以文章为单位,点击蓝色箭头可下载该研究的数据结果,包括实验验证的结果和高通量数据结果。


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4

m6A-Net 模块


在这个模块,用户只需输入在自己研究中有差异m6A修饰的基因,M6ADD即可根据数据库中的数据来构建PPI网络,并有多种格式的图片供用户下载。下方还有3个按钮,点击即可自动将PPI网络中的所有基因导入到DAVID中进行富集分析。


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5

m6A-Regulator模块


在这个模块,用户可以选择癌症类型和已知的m6A调节蛋白来获得M6ADD提供的潜在的癌症m6A调节蛋白,这其中基本都是reader。


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关于数据库的介绍就到了,m6A作为这几年的研究热点,相比大家都希望有个好工具来帮助大家搬砖,所谓工欲善其事必先利其器,希望各位民工们能够利用好数据库和之前推送的文章,祝实验顺利,发好文章!


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