科研星球

几个信号通路数据库

1.KEGG
http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
KEGG是我们做信号通路研究中接触最多的一个数据库,具有强大的图形功能,可以直观查看众多信号通路以及各类通路之间的关系。

2.SMPDB
http://smpdb.ca/
SMPDB是一个交互式的可视化数据资源库,包含了超过3万种发现于人体中的小分子通路。其中70%的通路为该数据库独有,在其他数据库中无法找到。其中,通路中每个小分子都可链接到附有详细说明的HMDB或Drugbank,每个蛋白复合物或酶也均与UniProt超链接。该数据库旨在支持代谢组学,转录组学,蛋白质组学和系统生物学中的途径阐明和途径发现。

3.WikiPathways
https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways
WikiPathways是一个开放式协同平台,用于数据可视化和分析所用的生物学模型的收集和传播。该数据库收录了超过20个物种的通路,其中人类的通路就包含了800多个通路,涵盖了7500种基因。此外,它还包含了超过1000个代谢产物的通路。WikiPathways中的每一个通路都有自己专属的页面,呈现该通路最新的图解、描述、引用、下载选项、版本历史以及成分基因和蛋白质列表。

4.Reactome
http://www.reactome.org/
Reactome是一个免费开源的通路数据库,提供直观的生物信息学工具,用于可视化、解释和分析途径相关知识,以支持基础研究、基因组分析、建模、系统生物学研究等。Pathway注释由生物学专家与Reactome编辑人员合作编写,并交叉引用许多生物信息学数据库。这些包括NCBI Gene数据库,Ensembl和 UniProt数据库,UCSC基因组浏览器,KEGG 化合物和ChEBI小分子数据库,PubMed和 Gene Ontology。 

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