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circRNA研究相关数据库circBase使用指南

对于某一类领域的研究而言,总有一些经典的数据库是在开始研究这个领域之前就需要知道的一些数据库。如果要研究circRNA的话,那对于circBase(http://www.circbase.org/  )这个数据库就需要了解一下。


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从数据库文章的被引次数上也可以看到。这个数据库在所有的circRNA数据库当中也是经典的数据库。


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starBase由于非编码RNA方面的综合性的数据库。用处比较广。所以用的人更多。如果是专业性circRNA数据库的话,那就是circBase了。


鉴于这么重要性的一个数据库,所以我们今天就来介绍一下这个数据库吧。


背景数据集

对于circRNA的鉴定,作者主要是通过通过收集之前发表的文章的数据来总结相关的circRNA的类型的。在目前这个circBase的版本当中,作者收集了来自9个机构关于circRNA鉴定的结果。其中包括了人类、老鼠等多个物种。

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由于circRNA最基本的都是基于其位置来进行表示的。作者在收集了这么多的circRNA的数据之后,对这些检测到的circRNA进行了circRNA的命名。因此也就看到了目前在研究的circRNA当中关于circRNA的命名好多都是来自于circBase数据库。



数据库使用

在了解了数据库的内置数据集之后,对于数据库的使用就比较简单了。在这个数据库当中,一共具有三个功能。


检索目标基因的circRNA

由于circRNA主要也是在基因组上形成了。很多circRNA也是和基因是重叠的。如果我们想要知道某一个基因是否有circRN形成。就可以通过这个功能来进行检索

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例如我们想要检索一下在TP53这个基因上是否有circRNA形成。就可以在Search list当中输入TP53即可。经过检索发现,一共有五个circRNA是在TP53上面形成的。

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检索所有的circRNA

如果想要查看某一个组织当中的所有circRNA。就可以使用这个功能。在这里,我们只需要输入基于自己的想法选择合适的位置即可。

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circRNA比对

如果有一段特定的序列,想要知道这段序列上会不会有circRNA的话。那么就可以通过blat这个功能进行比对。我们需要做的也就是输入自己的目标序列即可。如果有输入的时候fa序列的话,那么也就可以输入多条序列

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以上就是这个数据库的基本内容了。总的来说就是需要什么就检索什么即可,除了在线的功能,我们还可以下载这个数据库当中的所有数据。

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通过下载就可以获得这个数据库的所有数据了,如果要对circRNA方面进行分析的话,也就可以方便我们进行自己的DIY。

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