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肿瘤EMT特征在线分析网站EMTome使用指南

上皮间质转换(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是一个肿瘤发生过程当中的一个重要过程。这个过程主要是通过上皮细胞失去细胞极性和细胞间粘附力,并获得迁移和侵袭特性,成为间充质干细胞。通过检索近十年的文献。我们也发明对于EMT也算是一个热点的。

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对于EMT而言,基础实验的话,在基因方面,也主要是通过检测几个核心蛋白的变化,来确定其EMT的转化情况。

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既然EMT能确定相关的基因的话,那对于RNA-seq的数据而言,就可以进行基于这些相关的基因进行样本EMT特征评分。所以也就有了EMTome(http://www.emtome.org/  )这个用公共RNA-seq的数据库来进行EMT样本评测的数据库。

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背景数据集

这个数据库,主要是用来分析肿瘤当中的EMT的变化的。因此,纳入的分析的数据集就是TCGA、CCLE、MET500以及HPA数据库了。

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另外关于EMT的评估,主要是要了解EMT相关的基因有哪些。虽然目前经典的基因都差不多。但是对于其中一些额外的基因每个文献可能纳入的都不一样。因此作者对检索数据库检索EMT相关的评分的文章。综合寻找EMT相关基因。经过查询,450个有关的文献。并从中找到了810个蛋白编码的和122个非编码的基因。

另外关于每一个肿瘤当中EMT特征评分的算法。作者使用的是GSEA的算法来进行评估的。

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数据库使用

基于以上的数据,作者构建了五个和EMT相关的模块

  • EMT Signature: 可以查询之前检索的文献的具体信息,其中包括每一篇文献当中包括哪些基因

  • EMT Genes: EMT相关基因在癌症当中的基本特征,包括表达,突变

  • EMT Interactome: EMT相关基因在癌症当中的相关功能分析

  • EMT Score: 研究某一个基因和某一个EMT特征在不同肿瘤当中的关系,以及在不同肿瘤当中不同EMT评分和预后的关系

  • CRISPR/DRUG Response: EMT相关基因和和药物相关性

以下我们就介绍一下这个数据库独特的EMT Score这个模块。

EMT Score

在这个部分主要包括分成两部分

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1.分析某一个基因和某一个EMT特征在不同肿瘤当中的相关性。由于不同文献当中纳入的EMT基因不同,所以这个我们重点需要选择的就是想要基于哪一个参考文献进行分析。另外就是输入我们想要分析的基因。例如:TP53

这里需要注意的是,在输入的时候。数据库给的基因联想是EMT相关基因。如果输入基因的时候没有相关的联想的话,不用在意的,继续点击提交即可。

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在点击提交之后,我们就可以获得在不同肿瘤当中,这个基因的表达和EMT的相关性了。


2.观察某一个肿瘤当中,所有不同文献的EMT特征在肿瘤当中的预后情况。这里可以分析PFS以及OS的预后。

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总的来说

以上就是这个数据库的主要内容了。。虽然数据库不错,但是。。。。要登陆这个数据库的话,可能需要科学上网。如果有方法的话,那就可以使用这个数据库哈,要是没有方法怎么办呢?

这个数据库提供了,每一个文献当中有哪些基因的表格。我们可以下载这个表格选择某一个文献。然后利用自己想要分析的数据进行GSEA或者GSVA分析的。


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EMTome_signatures文档:

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