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cellMiner数据库的使用指南



CellMiner数据库,主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。该数据库最初发表于2009年,后于2012年在Cancer Research杂志上进行了更新,题目为“CellMiner: a web-based suite of genomic and pharmacologic tools to explore transcript and drug patterns in the NCI-60 cell line set”。大家后期在使用该数据库记得应用相关文献。



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NCI-60细胞系是目前使用最广泛的用于抗癌药物测试的癌细胞样本群。大家可以通过它查询到 NCI-60细胞系中已确认的22379个基因,以及20503个已分析的化合物的数据(包括多种已获美国食品和药物监督局批准的药物,以及临床试验中的药物分子)。


下面,我们来看下相关数据的下载和药物敏感性分析过程。


CellMiner数据库的使用


1. 进入CellMiner数据库主页https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do  );

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2. 点击Download Data Sets,进入数据下载界面;在下载界面中,可以看到两个不同的板块,分别是原始数据Raw Data Set和经过处理后的数据Processed Data Set;

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3. 在此,我们直接选择经过处理后的数据Processed Data Set,勾选RNA表达数据(RNA: RNA-seq)和药物数据(Compound activity: DTP NCI-60);

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4. 点击按钮Get Processed Set,进入下载界面,点击即可保存;

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5.下载完成后,将其放到工作目录下,解压,并分别提取其中的Excel文件放于当前工作目录下;

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接下来,我们需要对下载得到两个数据文件进行整理,以用于后续的药物敏感性评估。


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