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m6A数据库m6A-Atlas使用指南

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m6A-Atlas是2020年底发表在NAR上的数据库,用于揭示m6A表观基因组信息。

(www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas  )


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其特点如下:

(1)与现有的数据库相比,m6A-Atlas的收集了442162个高置信度的m6A位点,并从1363个高通量测序样本中估计了定量表观转录组概况;

(2)人、小鼠和黑猩猩等7种脊椎动物物种之间m6A的保守性位点,以及HIV、KSHV和DENV等10种病毒的m6A的表观转录组;
(3)从表观转录组数据中预测单个m6A位点的生物功能,以及从疾病相关的基因突变推断出的m6A位点的潜在致病机理;
(4)m6A表观转录组位点与转录后机制(如:RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点)的注释,以及多种RNA修饰的景观等信息,可提供给用户浏览和进一步的研究。

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下面我们就来看下m6A-Atlas如何使用吧~


一、Home

m6A-Atlas有两个主要部分组成,包括:真核生物和病毒的m6A位点数据库。用户可以通过使用搜索栏进行快速搜索功能,选择物种及详细信息(如基因、区域或疾病-关联基因组位置)寻找m6A位点;用户还可以根据左侧图标直接进入具有特定物种的数据库;用户也可以通过下方两个方框按钮进入真核生物和病毒m6A位点数据库。

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二、Eukaryote

1.真核生物信息列表
m6A-Atlas为用户提供了一个高置信度的、涵盖了7种真核生物的m6A位点集合的界面,用户可以根据所需的RNA修饰、组织或细胞系、物种和技术的过滤选择,总结并展示了m6A位点、相应的细胞系或组织、相对技术和统计结果的详细列表。

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2.基本信息
用户可以点击 "Site ID"来查看更多信息,如:m6A位点、基因、RNA结合区、miRNA目标和其他RNA修饰位点。
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3. 甲基化水平

m6A-Atlas提供了一个交互式绘图,显示不同条件下的不同甲基化水平。第一个选择是选择正常细胞系的甲基化水平;第二个选择是显示病毒感染后的甲基化水平。用户可以从几个选择中选择功能来查询感兴趣的各种细胞系、技术或病毒。

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4. 基因表达水平
同样,m6A-Atlas也为用户提供了一个交互式绘图,显示m6A位点所在的基因在不同条件下的差异表达水平。第一个选择是选择正常细胞系上的基因表达水平;第二个选择是显示病毒感染后的基因表达水平。用户可以根据感兴趣的各种细胞系、技术或病毒进行筛选。

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5. 保守性
m6A-Atlas还提供了保守性分析,在人、小鼠、大鼠、斑马鱼、猪、猴子和黑猩猩之间进行分析,以确定两个脊椎动物物种之间保守的m6A位点。

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6. 整体概况
m6A-Atlas为用户提供了一个交互式的RNA修饰的整体概况,其中展示了基因区域和不同的RNA修饰位点分布图,还显示了涉及m6A位点的注释信息。

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7. 注释
m6A-Atlas提供了m6A位点的基本注释,包括剪接位点、miRNA靶点、RBP结合位点和亚细胞位置,以帮助理解m6A的调节作用的信息。此外,还展示了从疾病相关的基因突变推断出的人类m6A位点的潜在致病机制。

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三、Virus
病毒信息列表

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四、Tools
1.m6A保护性位点识别
根据输入的数据或上传的文件展示相应的样本,用户可以选择不同的物种(如:Human/hg19, Mouse/mm10, Rat/rn6和Zebrafish/DanRer10)。

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2.差异化的m6A的识别
对于差异化的m6A的识别,它返回两个实验条件之间差异化的甲基化m6A位点。用户可以有多种选择(如物种、实验条件)。

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五、Download
m6A-Atlas的相关在线数据和量化的m6A甲基化均可以下载,并将统计结果在底部进行了总结和展示。

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m6A-Atlas构建了一个用户友好的图形用户界面,以支持查询、可视化和共享m6A外转录物组,并注释了与转录和转录后机制(TF结合、RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点)的潜在相互作用位点。
这么多注释信息小伙伴们还不赶快用起来~

参考文章:

m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome


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