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人血液外泌体数据库,exoRBase使用指南

    外泌体(Exosomes)是细胞分泌到胞外的一种纳米级内吞囊泡(40-160nm),含有丰富的内含物(包括核酸、蛋白和脂质等),可以调节受体细胞的行为,并可用作疾病的循环生物标记物。


 今天小编给大家介绍一个在线外泌体数据库:exoRBase(http://www.exorbase.org/exoRBase/toIndex)。它是一个环状RNA(circRNA),长非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)的存储库,这些RNA来源于人类血液外泌体的RNA-seq数据分析,还包括已发表文献的实验验证。


     该数据库基于标准化的RNA-seq数据(涵盖正常个体和不同疾病的患者)对RNA表达谱进行整合和可视化。旨在收集和表征人血液外泌体中所有长的RNA。目前包含58330个circRNA、15501个lncRNA和18333个mRNA,并提供了注释、表达水平和可能的来源组织。


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这里小编给大家简要介绍一下该数据库的使用。



1.Browse


exoRBase数据库为用户提供了提取感兴趣的RNA候选物的功能。这里我们点击 “浏览”页面的“lncRNA和mRNA”部分。


以结直肠癌为例,我们可以研究的任何潜在血液生物标志物。


首先,从“Sample types”选项的下拉列表中选择“CRC”。其次,我们可以通过在” Tissue specificity”选择结肠,“Different group”选项中选择“CRC(up)”来选择在CRC样本中表达上调的RNA。当然,我们也可以通过“Tissue specificity”,“Detection frequency”,“Expression rank”和“Validation”选项进一步过滤搜索结果。


最后,单击选项部分底部的“搜索”按钮。

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浏览结果以表格形式显示,该举例结果主要为mRNA在CRC样本中的表达上调和结肠组织中的特异性表达情况,该RNA可以被认为是结直肠癌患者的血液生物标志物候选物。

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点击Gene symbol列内基因的超链接,可转至该基因在其他疾病中的表达情况、基因的详细基本信息及通往其他数据库的链接。

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      可以通过单击表中的“Related circRNA”列来检索有关位于基因内或附近的circRNA的信息。

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2.Search


可以从3个方面对基因进行搜索,这里以lnRNA and mRNA为例,在Required框内输入基因名称' TRAF3,GAB2,SNX1'。

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搜索结果将显示一个图表,该图表显示所有收集到的样品中的表达水平。“ NP”代表正常人,“ CHD”代表冠心病,“ CRC”代表结直肠癌,“ HCC”代表肝细胞癌,“ PAAD”代表胰腺腺癌,“ BC”代表乳腺癌, WhB'代表全血。

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此外,我们可以通过单击“热图”按钮将图切换为热图

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并列出“TRAF3,GAB2,SNX1”的简要说明的表格。

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exoRBase还提供了一个箱形图,可通过直接单击基因名称或表中的最后一列来访问该图。通过这些图,我们可以快速概览所有外泌体样本组中TRAF3,GAB2,SNX1的表达水平。



3.Home

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通过搜索框,输入基因名称可以实现快速搜索。具体操作及结果解释同“2”。


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