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药物-靶标相互作用的数据库,SuperTarget使用指南

我们都知道,新药研发的关键首先是寻找药物分子靶标,而推进药物发现和药物重定向进程发展的一个有效的方法是从分子层面上对药物和靶标的相互作用关系进行预测。今天小编就给大家介绍一个用于分析药物-靶标相互作用的数据库:SuperTarget(https://bioinformatics.charite.de/supertarget/index.php?site=home)。


      整合了与药物指征、药物不良反应、药物代谢、通路和基因本体论(GO)术语相关的药物相关信息。


      主要包含3个条目:药物、蛋白、副作用。除此之外,还可以获得有关通路和本体的信息。单独的章节专门介绍了一组特殊的靶标靶点-细胞色素(CYP)P450。所有这些条目通过药物-蛋白质,蛋白质-蛋白质和药物-副作用关系相互连接,并且包含有关来源,ID,物理性质,参考文献等的丰富注释。


      下图为SuperTarget的系统架构和数据库条目数。除了靶标、药物和通路外,该数据库还提供了与药物-靶标相互作用相关的>6500个GO术语,及蛋白质结构的3万个链接。此外,还包括ConsensusPathDB中的蛋白质间相互作用。


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      该网站提供了多种方式获取和查看有关药物和靶标的相关信息。


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1.快速搜索

      为了提供对数据的快速访问,主页面提供了一个名为“ Targle”的简单全文搜索,该搜索分别返回了针对药物,靶标和通路的相关数据。

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      点击搜索后返回如下结果。

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2.分类搜索

      每个条目类型都有专门的搜索部分:即药物,靶标,通路,基因本体论和CYPs。所有不同的条目都是相互关联的,因此可以从药物搜索结果中轻松获得推定靶标和受影响途径的详细信息。

      这里我们以Drugs为例,进行简要介绍。

      输入药物

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      查询结果如下:主要包含药物名称、通路、PubChem id、Anatomical Therapeutic Chemical分类系统的相应ATC代码及靶标等信息。依次点击超链接,可进入相应的详细信息页面。

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      单击药物名称(这里点击:Esomeprazole),可以获取有关该药物的更多信息(如化学结构式、副作用等)。

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      要查看该药物可能参与的通路,点击相应的Pathway。

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      也可以查看该药物的靶标。

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3.高级搜索

      对于更复杂的搜索,我们可以使用逻辑字符 “ AND”和“ OR”组合任意搜索条件。如下图所示,选择搜索标准后,依次点击绿色加号即可。

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