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细胞标志物数据库,CellMarker使用指南

我们都知道,细胞标志物是我们用来对细胞定义和分选的重要标志。当我们想查看某细胞的标志物时,不可能对所有细胞都进行测序分析,首先,经费就烧不起。


所以,今天小编就给大家介绍一个特别优秀的数据库:CellMarker(http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp,直接通过点点点,就能查看哪些细胞的标志物/基因是什么,是不是瞬间感觉高大上~


该数据库通过手动收集超过100,000篇发表的论文,涵盖细胞标志物信息,组织类型,细胞类型,癌症信息和来源等4,124个条目。共包含158种人类组织/亚组织(涵盖467种细胞类型,13605个细胞标志物)及81种小鼠组织/亚组织(涵盖389种细胞类型,9148个细胞标志物),旨在为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供全面而准确的细胞标志物资源。


下面我们就来简要看一下该数据库的使用方法。


  1. Home

      主页提供了人和鼠的全局视图。该图可以帮助我们快速浏览列出的细胞类型的细胞标志物。单击细胞类型时,它将跳到与该细胞类型相关的细胞标志物的相应搜索结果。

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  1. Browse 

      浏览页面显示了细胞和组织的层次分类。我们可以通过单击人类(或小鼠)不同组织中的细胞类型来浏览查看细胞标志物。

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      例如,我们这里想浏览与人体脂肪组织相关的条目,可以单击“Human”,选择“Human Adipose tissue”,选择感兴趣的细胞类型,例如“Endothelial cell”。右侧将显示相关的细胞标志物。


      结果首先会显示一张所查询细胞的细胞标志物的词云图,该图可以通过支持证据(即出版物)的数量和所查询细胞类型的综合性细胞标志物列表进行量化。

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      “Result”页面主要根据数据来源(单细胞RNA测序,实验,综述和公司)进行详细展开。每个条目均包含物种,组织,细胞类型,癌症,细胞标志物,来源等。

      下面示例所展示的结果主要包含实验和公司来源。

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      单击这些表中单个条目的“more details”超链接,我们可以获得更详细的信息,包括基因名称,基因ID,蛋白质名称,出版物信息等。

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  1. Search

      我们可以通过两个搜索面板进行查询:Cell searchMarker search

(1)Cell search

      按照下图所示,依次选择物种,组织,细胞类型来搜索目标细胞的细胞标志物。

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      结果如下:

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(2)Marker search

       选择物种后,我们可以通过输入基因名称,基因ID或蛋白质名称来搜索感兴趣的基因,以查询特定基因可以在哪些组织的哪些细胞类型中充当细胞标记物。

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      单击“提交”按钮后,结果显示一个交互式气泡图和一个表格。交互式气泡图显示了感兴趣的基因在不同组织的不同细胞中用作细胞标记的频率。

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  1. Download

      CellMarker数据库提供TXT格式的下载文件。我们可以下载所有细胞标志物的数据集,内容如下。

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