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RNA结合蛋白数据库,RBPDB使用指南

      我们拿到一个lncRNA,想继续往下做时,一般都会想到从它的RNA结合蛋白(RBP)入手。因为RBP在多种细胞过程中起着最基本的作用,包括转录、RNA剪接和加工、定位、稳定性及翻译等。那么今天小编就来给大家推荐一个可用于RNA结合蛋白预测的数据库:RBPDB(http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/)。

      该数据库是RNA结合实验的数据库,包括人、小鼠、蝇和蠕虫4类物种,总共包含272个RBPs的结合数据,包括71个具有位置权重矩阵格式的基序的结合数据,以及36组免疫沉淀实验获得的体内结合转录本序列。

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      那么具体应该如何使用呢?还是很简单的,下面小编就简单介绍一下。我们从三个方面来简要介绍一下。

  1. 搜索RNA结合实验

      这里我们可以通过RBP,RBD,物种,实验类型或以上任意组合来搜索RNA结合实验。

      通过在首页或每个页面顶部的搜索框中输入搜索词,可以按基因名称,别名或描述快速搜索RBPDB。

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      单击“Advanced”链接。通过高级搜索页面,可以通过物种或RNA结合域进行更精细的检索。

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       这里我们以浏览蛋白为例,简要看一下结果的具体呈现形式。点击Browse/Search Genes。

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      可以发现,在结果页面中显示该数据库内所有RBP的信息,及通往其他数据库的超链接,可以查看和导出实验数据。单击列标签可以按降序或升序对列进行排序。

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      页面拉到最下方,可以下载不同格式(纯文本,逗号分隔值(CSV),Excel或Word格式)的文件。

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  1. 注释,转录本,和矩阵数据的批量下载

      这里可以对所有RBPDB数据或以各种方式过滤的数据子集进行批量下载。有两种方法可以从RBPDB下载数据。

      第一种是直接从搜索结果表中进行下载,如上图。

      第二种是点击Bulk Downloads。

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      如下图,点击需要的数据进行下载即可。

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  1. 查看输入序列中的RBP结合位点

      这里我们可以查看输入的RNA序列以寻找RBPDB中存储的RBP的潜在结合位点。

      在下图红色框区域,提交核苷酸序列来查看与RBP结合位点的匹配程度,该序列可以是DNA或RNA格式。

      这里我们以lncRNA HOTAIR为例,查找其RBP结合位点。注意:仅粘贴核酸序列即可。

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      结果如下,显示与输入文本完全匹配的内容。

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      总的来说,该数据库的第三项功能用的较多。特别是想探究一个lncRNA可能的结合蛋白时,就派上用场啦。


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