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如何利用NCBI寻找目的基因

最近经常碰到查找目的基因的问题,那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因!

NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心,分子生物学,生物化学及遗传学领域常用数据库。

下面以人的GAPDH为例教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因:

1.打开NCBI主页,选择需要查询的数据库,以查询基因序列为例,选择"gene",并在搜索框内输入查询内容,此处以“GAPDH”为例,点击search。

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2. search后出现所有已经report的所有GAPDH序列,以人的GAPDH为例,点击需要查看的基因。

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3,下方打开的对话框为人的GAPDH的基因信息,包含基因序列和氨基酸序列,基因在染色提上的绝对位置,基因在个组中的表达情况等信息。

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该基因的转录本信息,SNP信息

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基因在各组织中表达情况

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该基因文献情况

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中间省略很多其他的相关信息

下面是基因的序列信息

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 其中1.2.3等分别代表的为基因的不同转录本,mRNA我们一般重点关注NM开头的,非编码RNA一般会以NR开头,XM为生物信息预测的转录本信息。

有时文章中还会提到用到的相关自己提交到数据库中的序列。

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4.下面就是如何找到目的基因序列

一般每个基因的转录本1是研究最多的,可以从转录本编号后边的“.几”来判断该转录本更新的次数,更新的次数越多代表该转录本研究的越多,被研究的时间也越早。

可以看到该转录本的信息

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可以直接点击左侧的超链接,直接跳转到对应序列位置,并深色显示

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5.还可以直接从序列右上角,进行便捷的序列blast和引物设计

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