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综合性tRFs分析预测数据库,tsRFun使用指南

如果我们有自己的数据,想要分析相关的tRFs,但又不会用代码进行分析。怎么办呢?今天就给大家推荐一个在线分析tRFs的数据库。tsRFunhttp://121.46.19.89/DB/tsRFun/  )


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目前这个数据库主要可以进行以下四种分析。通过下图可以发现,基本上我们前面介绍的靶基因预测和在肿瘤当中的作用的分析。在这个数据库都可以做。同时这个数据库还可以分析自己的测序数据。可谓是一个数据库就搞定所有的事情了。


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由于tsRFun数据库还没有发表自己的相关文章,所以我们也就不清楚具体用了什么数据来进行分析预测。这里只简单地介绍一下他的功能



tRFs鉴定


如果我们有自己的小RNA测序的数据的话,同时又想要在里面挖掘一些新的东西。这个时候就可以考虑重新注释一下。来寻找里面有没有tRFs的。这个时候就可以使用里面的tsRFinder的功能。在tsRFinder当中我们可以输入测序后的fasta数据,如果测序的序列比较多可以上传压缩包即可。


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在点击提交之后,由于要进行序列的比对,所以需要耐心的等待。等待结束后,就可以得到测序数据当中相关的tRFs都是哪些了。在这个结果当中,我们可以查看比对的tRFs的具体信息,也可以观察目标tRFs在肿瘤当中的分布。


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进一步的,如果相对目标的tRFs进行功能预测,则可以在后面选择上之后,直接点击提交。即可预测目标tRFs的功能。


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tRFs靶基因预测


同样的如果有自己做的CLASH/CLIP-seq的数据,想要重新预测一下有没有和tRFs有关的结果。也可以使用这个数据库来进行分析。分析之前需要指定一下目标参数,然后也是直接输入fasta的测序结果即可。


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经过分析,我们可以了解目标tRFs和哪些基因有相互作用关系。同时具体的作用方式在哪里


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tRFs在肿瘤当中的分析


除了以上上传上传自己的数据可以进行分析之外,我们也可以上查看在TCGA数据库当中具体的tRFs的发表情况。在这个数据库当中只能看到tRFs的在不同肿瘤的表达情况。但是如果要看预后的话,就不行了。这个时候就看可以使用OncotRF这个数据库了。


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tRFs功能预测


这个部分的内容,就和前两天介绍的tRFTar差不多了。我们可以选择目标tRF或者输入tRFs的序列就可以基于数据库分析好的数据集来进行富集分析了。

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和tRFTar不同的时候,tRFun预测的背景数据库多了一些。同时在功能预测的时候,也可以使用GSEA进行预测。

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总结


以上就是这个数据库的主要功能了。单论功能的话,基本上可以把之前介绍的两个数据库都包括了。有一些特定的比如查看预后这样的功能还是需要用指定数据库的。另外目前这个数据库还没有发表。至于这个数据库的最终版是什么样子的。这个谁也不清楚。说不准还会多更多的功能的。


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