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细胞定位及标志物数据库,Brain RNA-Seq数据库使用指南

Cell文章作者通过对已有RNA测序数据库【2】对微管相关蛋白进行了筛选发现了TPPP在少突胶质细胞特异性高表达。



该数据库纯化了小鼠大脑皮层的神经元、星形胶质细胞、少突胶质前体细胞、新形成的少突胶质细胞、髓鞘少突胶质细胞、小胶质细胞、内皮细胞和周细胞,通过RNA测序为这八种细胞类型生成了转录组数据库。进一步通过生物信息学分析鉴定了数千种新的细胞类型富集基因和剪接异构体,这些基因和异构体将为细胞鉴定提供新的标记物。

Brain RNA-Seq数据库:http://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html 



Brain RNA-Seq数据库界面友好:


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应用1:


输入基因名可查询该基因在不同细胞类型的表达情况,例如输入TPPP,点击Search得到结果与Cell文章一致:


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众所周知,Iba1是小胶质细胞的特异性标志物,在GeneCards(https://www.genecards.org/ )输入Iba1 可知其基因名为Aif1。


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在Brain RNA-Seq数据库查询Aif1,发现Aif1特异性的在小胶质细胞高表达,这也是Iba1作为小胶质细胞的特异性标志物的原因:


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应用2:

Brain RNA-Seq数据库除了查询细胞类型富集基因外还可以查看剪接异构体:


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应用3:

查询基因在特定细胞类型的富集情况,例如查询富集于星形胶质细胞的基因:


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得到在星形胶质细胞特异性高表达的基因,例如Aqp4(水通道蛋白4)特异性定位于星形胶质细胞终足。数据显示Aqp4在星形胶质细胞是其他细胞类型的70.415倍:


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点击结果中的Aqp4可以查看其在各种细胞类型分布的具体情况:


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Aqp4定位于定位于星形胶质细胞终足,参与血脑屏障的形成:


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